SMART-Seq mRNA HT LP & SMART-Seq mRNA HT |
◆ 自动化友好型 - 兼容自动化工作站,更少的时间分析更多的样本
◆ 高灵敏度 - 可以从单细胞或10 pg总RNA起始(起始量:1-100个细胞或10 pg-1 ng总RNA)
◆ 高质量的RNA-Seq数据 - 保留全长基因信息,低rRNA比率,高基因检出数,有效扩增GC-rich转录本
◆ 单管操作流程 - SMART-Seq mRNA HT包含完整的cDNA合成和文库构建流程,分别在单管中进行,减少样品损失与混淆,降低手动操作误差
◆ 增强的测序性能 - SMART-Seq mRNA HT搭配使用整合双端特殊index(UDI),即便多个文库pool后用高通量型Illumina测序仪(如Novaseq)分析,也能得到正确结果
◆ 更高的文库产量 - 更便于使用高通量型Illumina测序仪测序(如Novaseq),或保存剩余的文库用于多次测序
|
|
■ 产品说明: |
SMART-Seq mRNA HT和SMART-Seq mRNA HT LP均兼容自动化移液工作站,采用oligo(dT)引物,支持1-100个细胞或10 pg-1 ng总RNA起始,合成高品质的全长cDNA。SMART-Seq mRNA HT包含核心cDNA合成试剂,SMART-Seq mRNA HT LP在此基础上,同时包含文库构建试剂,并且搭配Unique Dual Index kits(单独购买)使用,最多可以制备384个Illumina测序文库。
SMART-Seq mRNA HT具有简化的操作流程,可用于FACS下游,并且由于引入了一步RT-PCR扩增步骤,从而减少了手动操作时间。本试剂的核心技术-SMART技术(Switching Mechanism at 5′ End of RNA Template),是一种对全转录组研究,以及包括细胞内剪接位点、可变剪接研究的强大的工具,并且可以检测全长基因。Oligo(dT)可用于从高品质总RNA(RIN> 8)或完整细胞中特异性扩增mRNA。通过采用LNA技术,提升了模板转换的效率与基因检出数等性能。
SMART-Seq mRNA HT LP在包含核心的cDNA合成试剂基础上,同时整合了文库构建技术,提供完整的单细胞cDNA合成到文库构建的实验体验。建库试剂中包含片段化酶,以实现对合成cDNA的片段化,接着利用特别的茎环形接头构建高品质Illumina文库。在建库阶段,单管两步操作、过程中无需纯化、2 h即可建成文库!
如果是以随机引物起始,对少量细胞或者降解的Total RNA样本进行RNA-Seq分析时,推荐使用SMART-Seq® Total RNA Single Cell (ZapR™ Mammalian)。 |
|
■ 实验流程概要: |
 |
|
图1. SMART-Seq mRNA HT LP的技术流程 |
|
■ 数据展示: |
注:SMART-Seq mRNA HT LP和SMART-Seq mRNA HT是SMART-Seq HT PLUS Kit和SMART-Seq HT Kit的等效替代品。
以下展示来源于SMART-Seq HT Kit和 SMART-Seq HT PLUS Kit的数据。 |
|
● SMART-Seq HT有更简洁的操作流程 |
 |
图2. SMART-Seq v4和SMART-Seq HT工作流程的比较 |
|
SMART-Seq HT(右)是由SMART-Seq v4方法(左)改进而来的一个手动操作时间更短的高通量工作流程。使用FACS方法获得单细胞,SMART-Seq HT试剂盒只需3个操作步骤即可制备cDNA,而SMART-Seq v4试剂盒需要6步。SMART-Seq HT工作流程的一个重要步骤是一步RT-PCR,即使用一步RT-PCR缓冲液,进行高效的反转录和PCR扩增cDNA的过程。 |
|
● SMART-Seq HT和SMART-Seq v4之间的基因表达分析比较 |
Sequencing metrics comparing SMART-Seq v4 and SMART-Seq HT kits |
RNA source |
10 pg Mouse Brain Total RNA |
cDNA synthesis |
SMART-Seq v4 |
SMART-Seq HT |
Replicate |
A |
B |
C |
A |
B |
C |
Yield (ng) |
7.3 |
8.5 |
9.4 |
9.5 |
9.9 |
9.2 |
Number of
transcripts |
14,168 |
13,934 |
14,147 |
14,510 |
14,650 |
14,553 |
11,455 |
11,267 |
11,349 |
11,582 |
11,670 |
11,454 |
Number of
transcripts |
14,168 |
13,934 |
14,147 |
14,510 |
14,650 |
14,553 |
Average
Pearson/Spearman |
0.97/0.67 |
0.97/0.68 |
0.96/0.66 |
Proportion of reads mapped (%) |
rRNA |
0.7 |
0.6 |
0.5 |
1.1 |
1.1 |
1.1 |
Mitochondria |
2.8 |
4.2 |
4.1 |
3.7 |
3.8 |
4.2 |
Genome |
92.3 |
90.8 |
86.6 |
89.1 |
89.0 |
87.8 |
Exons |
74.8 |
72.5 |
69.0 |
67.3 |
67.1 |
65.3 |
Introns |
13.3 |
14.1 |
13.3 |
16.9 |
16.9 |
17.4 |
Intergenic regions |
4.2 |
4.2 |
4.4 |
4.9 |
5.0 |
5.2 |
|
|
分别使用SMART-Seq v4和SMART-Seq HT从10 pg小鼠脑总RNA制备cDNA后,使用Illumina的Nextera XT DNA Sample Prep Kit制备文库,之后在NextSeq上进行测序(2 x 75 bp)。结果显示,使用SMART-Seq v4和SMART-Seq HT试剂盒鉴定的转录本高度重叠。
|
|
● 从高灵敏度、高重复性的cDNA合成出发,构建更高品质Illumina文库 |
 |
(比较数据来源于Takara Bio USA, Inc.) |
|
Takara科学家从10 pg小鼠脑total RNA起始,采用SMART-Seq HT完成cDNA合成。随后分别使用SMART-Seq Library Prep Kit(SSlp)与市面上较常用的A公司试剂盒构建文库,并比较性能差异。
从测试数据中可以看出,SS-HT PLUS Kit所建文库的产量是A公司Kit产量的5倍,而更高的文库产量更适于高通量型Illumina测序仪,如Novaseq。
两种方法所建文库随后用Nextseq 500完成测序,并对TPM(Transcripts per million)≥0.1的基因数进行统计。SS-HT PLUS文库能比A公司文库多检出10%的基因,从同样的cDNA起始能“捕获”更全的信息!
|
|
产品详情请点击: |
|
|