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高效反转录,lncRNA等低拷贝RNA检测的关键
 
RT-qPCR是检测低拷贝RNA的一种比较实用的技术,RNA拷贝数低,对于检测灵敏度和准确度的要求非常高。
 
·由于样本或细胞类型的本身质量问题,或RNA本身表达水平低,感兴趣的RNA分子可能以低拷贝数存在。例如,虽然某些组织(如肝脏)每毫克中含有微克数量的RNA,但在其他组织类型中(如骨骼或脂肪),等量的组织中可能含有小于1%的RNA。
·样本本身是一个限制因素,而冷冻或保存的FFPE组织等样本可能是不可替代的或非常珍稀宝贵的,因此获得可靠的RT-qPCR数据至关重要。
·在长期储存过程中也可能会造成RNA损失。
·调节蛋白如转录因子对细胞功能有很强的影响,但也可能在低水平表达。
·还有一些RNA分子如非编码RNA(pre-miRNA、miRNA、lncRNA等)也可能以低拷贝数存在。
 
使用传统技术检测这些目的RNA可能是比较困难的。
 
反转录酶的效率是RT-qPCR敏感性的主要限制因素之一。

PrimeScript反转录酶的敏感性已被充分证明,例如,根据文献内容,该酶在total RNA pool中可以检测到10-21 mol miRNA,同时,该酶的特异性可以区分含有单碱基错配的miRNA。

 
以下总结了使用PrimeScript反转录酶对具有挑战性的RNA样本RT-qPCR检测的文献。
 
病毒RNA

检测小鼠肺组织中的甲型流感病毒: Zou, Q., et al. Use of praziquantel as an adjuvant enhances protection and Tc-17 responses to killed H5N1 virus vaccine in mice. PLoS ONE 7, e34865 (2012).

H5N1甲型禽流感病毒具有高致病性,需要更多关于如何诱导广泛的细胞毒性T淋巴细胞对H5N1灭活疫苗产生反应的信息。文献报告,吡喹酮(PZQ)佐剂可增强小鼠对H5N1病毒致死剂量攻击的保护作用。小鼠肺组织中的病毒量检测使用了One-Step TB Green PrimeScript RT-PCR Kit II (Perfect Real Time)(Code No. RR086)


 
Long non-coding RNA (lncRNA)

PrimeScript RT Master Mix (Perfect Real Time) 用于分析lncRNA: Mizutani, R., et al. Identification and characterization of novel genotoxic stress-inducible nuclear long noncoding RNAs in mammalian cells. PLoS ONE 7, e34949 (2012).

作者使用生物信息学方法鉴定了可能参与基因毒性应激反应的新lncRNA分子,并使用PrimeScript RT Master Mix (Perfect Real Time) (Code No. RR036)通过RT-qPCR研究了表达模式。


miRNA and pre-miRNA

PrimeScript Reverse Transcriptase用于检测10-21mol miRNA: Yao, B., et al Quantitative analysis of zeptomole microRNAs based on isothermal ramification amplification. RNA 15, 1787 (2009).

作者报告开发了一种灵敏且特异的等温分支扩增(RAM)实时测定法, 用于miRNA的定量分析,无需进一步富集即可准确定量总RNA 样品中的miRNA。PrimeScript Reverse Transcriptase(Code No. 2680)用于将miRNA初始反转录为cDNA。


PrimeScript RT reagent Kit用于分析pre-miRNAs: Tang, Y., et al. Genome-wide analysis reveals diversity of rice intronic miRNAs in sequence structure, biogenesis and function. PLoS ONE 8, e63938 (2013).


虽然大多数 miRNA 位于基因间区域,但有些存在于内含子(in-miRNA)中。作者在水稻中发现了新的in-miRNA分子,并使用PrimeScript RT reagent Kit(Code No. RR037)通过终点法 RT-PCR分析pre-miRNA分子。

 
Frozen or FFPE samples

PrimeScript RT reagent Kit用于分析人子宫肌层与子宫平滑肌瘤(frozen and FFPE samples): Makino, K., et al. Inhibition of uterine sarcoma cell growth through suppression of endogenous tyrosine kinase B signaling. PLoS ONE7, e41049

为了更好地了解子宫平滑肌肉瘤(一种对许多治疗方案具有抵抗力的侵袭性肿瘤)的调节作用,作者评估了脑源性神经营养因子(BDNF)和受体酪氨酸激酶B (TrkB)及其配体在子宫组织临床样本中的表达。PrimeScript RT reagent Kit(Code No. RR037)用于qRT-PCR分析TrkB 及其配体在子宫肌层和平滑肌瘤的冷冻样本和平滑肌肉瘤的FFPE样本中的表达水平。


 
低拷贝mRNA: 转录因子

PrimeScript Reverse Transcriptase用于分析转录因子的表达: Yamamoto, M., et al. Shared and distinct functions of the transcription factors IRF4 and IRF8 in myeloid cell development. PLoS ONE 6, e25812 (2011).

干扰素调节因子(IRF) 8和IRF4是控制树突状细胞和B细胞分化的造血细胞特异性转录因子。使用PrimeScript Reverse Transcriptase (Code No. 2680)进行RT-qPCR,作者研究了 IRF4和IRF8本身的表达模式,以及以前已知受IRF8调节的几个巨噬细胞相关基因。


 
PrimeScript Reverse Transcriptase是一种高灵敏度和高特异性的重组反转录酶,不含RNaseH活性,是Takara公司依据M-MLV (Moloney Murine Leukemia Virus)来源的RTase开发的一种反转录酶。
Takara在PrimeScript反转录酶基础上设计开发了不同功能的试剂盒,总结如下表。
 
 

页面更新:2022-05-31 16:29:39