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单细胞测序界世界杯正酣,看Takara的ICELL8如何突出重围——大显神通篇
 
前言:
    2018年俄罗斯世界杯赛事已过半,有的顺利晋级,有的黯然离场,只有过硬的实力才能保证笑到最后!
大家好!我叫ICELL8,来自Takara,工作是单细胞“职业猎手”,相信看过单细胞测序界世界杯开战,看Takara的ICELL8如何突出重围——奋发有为篇 的小伙伴一定对我印象深刻,我真诚的感谢各位小伙伴的支持。
 
上篇提到,我通过“灵巧的手MSND)”、“锐利的眼Imaging Station)”和“聪明的头脑CellSelect)”捕获“活的单细胞”,这使得我俨然成为了单细胞测序界的“小能手”。但是,“奋发有为”如我,积极修炼单细胞应用“心法”,最终是要从 “小能手”晋级到 “大师”的。
 
「修炼心法,稳扎稳打」
为了处于业界“不败之地”,我在5-100 μm范围的细胞内挑选“活的单细胞”用于“心法”修炼。
 
先修炼——3’末端mRNA差异表达分析“心法”点击了解
有了Takara SMART-Seq单细胞RNA文库构建技术加持,对各种细胞都能获得优异的mRNA 3’端差异表达分析结果。如对iPS细胞向心肌细胞分化的四个时间点进行分析,结果准确显示不同分化阶段存在基因表达差异。
图1 iPS向心肌细胞分化示意图
 
图2 tSNE基因表达差异解析结果
 
再修炼——人 TCR a/b profiling及 5’端差异分析“心法”点击了解
为了获得单细胞水平T细胞受体(TCR)mRNA 全长V(D)J可变区,除了SMART(Switching Mechanism at 5’End of RNA Template)技术的加持,类似于5’RACE的方法也来“助攻”,有利于低丰度TCR变体检出,及α和β链的同时分析。当然,5’末端的差异表达分析也不在话下!
图3 弦图展示两种细胞TCRβ克隆型分配情况
 
「习得秘术,终成“大师”」
除了勤奋,还得靠“天资”。一位“长者”曾说过,看我ICELL8就是天生的“单细胞分析奇才”。因此,在心法加持下,打通了我的“任督二脉”,习得了单细胞测序江湖各家苦求而不得的“秘术”——单细胞全长转录组分析,终成“大师”。
那么我习得的单细胞全长转录组分析“秘术”到底有多厉害呢?
厉害点1:引入SMART-Seq技术,保证更高灵敏度和更准确的RNA测序数据
图4 SMART-Seq技术允许即使较低测序深度,也能获得大量的转录本和基因
 
厉害点2:转录本覆盖度在文库中更为均一
图5 RNA-Seq文库体现出更高的覆盖度均一性,说明分析结果无3’或5’偏好性,
对研究剪切异构体等深度分析尤为重要
 
厉害点3:全长信息的保留,支持更深度的挖掘分析
图6 更为完整的信息,数据更丰富,支持如BCAT1可变转录本鉴定(Alternative transcripts),
9268–9672 nt, 9–11 exons
 
划个重点:要练就练“秘术”,要选就选“大师”。还不赶紧把ICELL8接回实验室?
 
文末再送一波福利
即日起至2018年8月31日来信咨询ICELL8的小伙伴,将获得Takara精美实用的酒精喷壶一个,先到先得哦 
来信咨询:guoz@takarabiomed.com.cn
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