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文献案例(Citations)
研究人员们通过ICELL8平台不断取得新的科学突破。以下是部分发表的研究结果。
 
植物单细胞测序
Daniele, Y. et al. Single‐nucleus RNA sequencing of plant tissues using a nanowell‐based system. The Plant Journal 108, 859–869 (2021)
研究人员在不同物种的植物材料中进行了单细胞核转录组研究。不仅作为单细胞RNA-Seq的一种替代方法,也是一种有望拓展植物单细胞基因组学的创新应用。通过ICELL8 Single-Cell System,研究人员对多种植物不同组织的不同样本类型以及不同发育阶段的细胞和细胞核悬液进行捕获,分选出完整单细胞和单核进行文库构建。对单细胞核的转录组的多次分析结果显示,共获得的3,384个细胞核,每个细胞核平均有2,802个表达基因,90%以上的reads可比对到参考基因组,且重复性良好(Three duplications/pearson=0.9)。此外,snRNA-Seq与组织样本RNA-Seq的分析结果显示出良好的相关性,且snRNA-Seq对研究复杂样品中的细胞亚群效果更佳。通过对(甲醇)固定/不固定材料的转录组结果分析表明,材料的固定不会导致细胞核数量以及细胞类型的重大差异,同时固定样品的snRNA-Seq和bulk RNA-Seq间也具有良好的重复性,该结果也为我们的技术提供了更好的应用灵活性。对于细胞分化过程的拟时分析表明,研究选取的时间节点可以作为发育阶段的代表进行花药分化的转录动力学研究。
 
心血管研究
Li Wang, et al. Postnatal state transition of cardiomyocyte as a primary step in heart maturation. Protein& Cell (2022)
对于心肌细胞的研究,先前多是采用心脏组织而不是分离的心肌细胞,本次来自阜外医院心血管疾病国家重点实验室的研究人员使用ICELL8 Single-Cell System对小鼠产后不同时间节点分离的4,231个心肌细胞进行scRNA-Seq,单个细胞平均测序深度为206,606 reads,比对率高达84%,单个细胞基因检出数为2,899个,结合CHIP-Seq数据确定了产后7天部分新生心肌细胞为未成熟心肌细胞所需通过的过渡状态,桥接未成熟和成熟状态,经此时期心肌细胞达到完全成熟及亚型规范。该研究不仅为心脏成熟的分子机制研究奠定了基础,也为疾病和再生医学中的心肌细胞操纵开辟了一条新途径。
 
Zhou B, et al. Functional isolation, culture and cryopreservation of adult human primary cardiomyocytes. Signal Transduction and Targeted Therapy (2022) 7:254
阜外医院心血管疾病国家重点实验室的研究人员对体外条件下,有效分离成人原代心肌细胞(hPCM)并建立长期维持功能的的体外心脏模型展开了研究。通过ICELL8 Single-Cell System 进行scRNA-Seq,确定hPCMs和人诱导的多能干细胞衍生心肌细胞(hiPSC CMs)之间的差异是由于它们的转录组特性还是细胞异质性引发,开发并评估了hPCM的分离、培养和冷冻保存方法,在整体和单细胞水平上对药物反应的转录组进行分析,证明了hPCM可以作为心脏生理学研究、药物发现和安全性评估的潜在理想细胞模型。
 
Yamada, S. & Nomura, S. Review of Single-Cell RNA Sequencing in the Heart. Int. J. Mol. Sci. 21, 8345 (2020).
在这篇综述文章中,来自东京大学医学院心血管医学系的研究人员对基于孔板和基于液体的多种单细胞RNA-seq研究平台进行了回顾,着重强调在心血管疾病研究中的应用。研究人员发现,具备大口径液体分注单元的ICELL8 Single-Cell System能够从稀释细胞悬液中分选完整的心肌单细胞,对于心脏研究非常有帮助。
 
Ren, Z. et al. Single-cell reconstruction of progression trajectory reveals intervention principles in pathological cardiac hypertrophy. Circulation (2020).
来自阜外医院心血管疾病国家重点实验室的研究人员在本项研究中就细胞类型对成人心脏功能的重要性展开了研究,尤其关注在心肌肥大方面的表现。心脏由多种细胞组成,各种细胞在心脏疾病中拥有不同的生物学行为表现。作者利用ICELL8 Single-Cell System表征了心肌细胞和非心肌细胞的特征。该研究揭示了病理性心肌肥大过程中细胞类型的动态变化,并阐明了可能的干预策略。
 
Wang, L. et al. Single-cell reconstruction of the adult human heart during heart failure and recovery reveals the cellular landscape underlying cardiac function. Nat. Cell Biol. 22, 108-119 (2020).
原代成人心脏细胞非常脆弱。这一特点给成人心脏细胞谱图的绘制带来了诸多挑战,使得研究心脏功能相关的细胞行为特征也很困难。来自阜外医院心血管疾病国家重点实验室的研究团队利用ICELL8 Single-Cell System克服了这些限制,成功对完整心肌细胞中的基因差异化表达进行了鉴定。ICELL8 Single-Cell System的液体分注平台配置了大口径喷嘴,能够温和分注较大的细胞类型,包括心肌细胞。
作者对14个供体超过12,000个细胞进行了研究。细胞组成分析和细胞间相互作用网络分析表明,心肌细胞的收缩性和代谢功能与心脏功能的变化是高度相关的。
 
Schoger, Eric, et al. CRISPR-mediated activation of endogenous gene expression in the postnatal heart. Circ Res. 126, 6-24 (2019).
来自哥廷根大学医学中心药理学和毒理学研究所的研究人员使用ICELL8 cx Single-Cell System,对基于dCas9VPR的CRISPR激活系统模型小鼠完整心肌细胞进行了单细胞全长转录组分析。在单细胞分辨率下对转化后心肌细胞中指定基因转录本上调程度进行了细致研究。明确了该CRISPR激活系统在小鼠心肌细胞中调控转录的可行性。
 
Hang Ruan, et al. Single-cell reconstruction of differentiation trajectory reveals a critical role of ETS1 in human cardiac lineage commitment. BMC Biol.17, 89(2019).
来自德克萨斯大学休斯顿健康医学中心和阜外医院心血管疾病国家重点实验室的研究团队对体外条件下,人胚胎干细胞(hESCs)向心肌细胞分化(CMs)早期阶段中的分子基础展开了研究。通过ICELL8 Single-Cell System,研究人员对分化过程中六个关键时间点的细胞进行了单细胞分选、单细胞RNA-seq文库构建,鉴定到多个具有不同分子特征的细胞亚群。进一步的数据分析发现在分化第5天,内胚层细胞与心脏祖细胞间出现相互应答(crosstalk),内胚层细胞可能为心脏谱系细胞定型提供微环境。而ETS1(ETS Proto-Oncogene 1)的激活是该相互应答引起的一个重要下游事件。
 
Yekelchyk, M., Guenther, S., Preussner, J. & Braun, T. Mono- and multi-nucleated ventricular cardiomyocytes constitute a transcriptionally homogenous cell population. Basic Res. Cardiol. 114, 36 (2019).
来自马克斯普朗克心肺研究所的研究人员利用ICELL8 Single-Cell System对基础条件下和压力诱导肥大条件下,小鼠心脏中成熟的单核和多核心肌细胞进行了单细胞分选与RNA测序文库构建。单细胞RNA-Seq结果揭示,基础条件下单核和多核成熟心肌细胞的转录组表现出同质性,而在压力诱导心肌肥大后这种同质性就丢失了。
 
Fang Y et al. Histone variant H2A.Z is required for the maintenance of smooth muscle cell identity as revealed by single-cell transcriptomics. Circulation 138, 2274-2288 (2018).
来自阜外医院心血管疾病国家重点实验室的研究人员针对动脉粥样硬化患者病变动脉组织中的血管平滑肌细胞进行了研究。通过ICELL8 Single-Cell System,作者完成了血管平滑肌细胞分选及单细胞转录组测序文库构建,发现了维持血管平滑肌特性的新关键调控因子组蛋白变体H2A.Z。
 
Massaia, A et al. Single cell gene expression to understand the dynamic architecture of the heart. Front. Cardiovasc. Med. 5, 167 (2018).
在这篇综述文章中,来自英国心脏基金会研究中心和惠康基金桑格研究所(Wellcome Trust Sanger Institute)的研究人员对单细胞实验设计指导进行了讨论。综述强调了对可应用于心肌细胞和其他类似大细胞的自动化系统的需求,如ICELL8 Single-Cell System。各种单细胞转录组学研究中取得的进步有助于对心脏发育、心脏疾病模型的深入探索与功能性研究。
 
神经生物学
Alexander W, et al. Single-cell transcription profiles in Bloom syndrome patients link BLM deficiency with altered condensing complex expression signatures. Human Molecular Genetics, 2022, Vol. 00, 00, 1–9
哥廷根大学医学中心研究人员为确定布卢姆综合征患者和野生型细胞之间的转录谱差异,使用ICELL8 Single-Cell System对三名布卢姆综合征患者成纤维细胞系和两个野生型成纤维细胞株进行了scRNA-Seq,653个细胞中的567个通过了初始质控,70.4%的reads比对到外显子区。单个细胞reads的平均值在190,586和244,819间,基因检出数约7,000个,分析得出成纤维细胞系含有致病性双等位基因截断突变,在单细胞水平上为布卢姆综合征的基因表达谱提供了新的见解。
 
Reising J P, et al. Prostaglandin E2 Exerts Biphasic Dose Response on the PreB?tzinger Complex Respiratory-Related Rhythm. Front. Neural Circuits, 20 May 2022.
来自瑞典卡罗琳斯卡研究所的研究人员为探究前列腺素E2对前包钦格复合体产生呼吸运动节律的影响,利用ICELL8 Single-Cell System,对小鼠出生后四天的脑干切片穿孔中分离出来的2,119个单细胞进行scRNA-Seq,平均每个细胞检测到11,247个特别分子和4,898个基因。结果表明,双相剂量反应可能是由前列腺素受体之间受体结合亲和力的差异引起的。
 
Schlusche, A. K. et al. Developmental HCN channelopathy results in decreased neural progenitor proliferation and microcephaly in mice. Proc Natl Acad Sci U S A 118(35), e2009393118 (2021).
来自科隆大学和德国神经退行性疾病研究中心(DZNE)的研究人员对离子通道功能在小鼠神经干细胞中的重要性进行了研究。该研究团队利用ICELL8 Single-Cell System检测了胚胎小鼠大脑神经干细胞中离子通道亚基Hcn1、Hcn2、Hcn3、Hcn4基因表达情况,最终提出了超极化激活的环核苷酸门控阳离子(HCN)通道的新功能。该研究发现,神经干细胞、祖细胞细胞周期调节对皮质发育具有影响,在受损时会造成大脑畸形,如小头症(microcephaly)。
 
Krieger, T. G. et al. Modeling glioblastoma invasion using human brain organoids and single-cell transcriptomics. Neuro. Oncol. 22, 1138-1149 (2020).
来自柏林查理特医科大学/柏林健康研究院数字健康中心的研究人员利用人脑类器官,以及与共聚焦显微镜相结合的单细胞转录组技术,为胶质母细胞瘤(Glioblastoma, GBM)侵袭性研究建立了模型。病人来源的GBM细胞与人脑类器官共培养后,通过ICELL8 Single-Cell System完成混合细胞的分选与单细胞RNA-seq文库构建。该研究揭示了侵袭GBM细胞的胞间相互作用,有助于GBM治疗新靶点的发现。
 
Liang, Q. et al. Single-nuclei RNA-seq on human retinal tissue provides improved transcriptome profiling. Nat. Commun. 10, 5743 (2019).
来自贝勒医学院的研究人员介绍了关于人视网膜组织的单细胞核转录组研究。作为单细胞RNA测序的一种替代方法,单细胞核RNA测序可用于人体组织的研究,并且可以应用于冻存的神经组织。通过ICELL8 Single-Cell System,研究人员对单细胞核进行捕获、分选、建库。最终,来自6种样本的6,544个细胞核完成了测序,平均每个细胞核获得31,783个比对reads。相同样本的单个细胞分析与组织样本RNA-Seq分析显示出良好的相关性。同时,细胞类型分析与已发表的人视网膜细胞标志物表现出一致性。
 
Kim, S. et al. Generation, transcriptome profiling, and functional validation of cone-rich human retinal organoids. PNAS 116, 10824-10833 (2019).
尽管各种干细胞来源的类器官正在成为有力的疾病模型工具,对于许多研究领域来说,仍需要对这些模型工具进行彻底的转录分析和功能验证。来自贝勒医学院的研究人员为人眼底黄斑/凹陷研究建立了富含锥细胞的视网膜类器官模型。通过ICELL8 Single-Cell System,研究人员对类器官和细胞核悬液进行了单细胞和单个细胞核分选,并进一步完成了单细胞和单个细胞核的测序文库构建。转录组分析结果显示,8月龄的视网膜类器官中锥细胞富集情况与显微镜分析结果一致,同时可以确认类器官中各类型细胞的特异性标志物存在。此外,视网膜类器官和人眼底黄斑中比对到的细胞类型也是高度一致的。
 
肿瘤/癌症
Iacobucci, I. et al. Modeling and targeting of erythroleukemia by hematopoietic genome editing. Blood 137(12), 1628-1640 (2021).
来自圣裘德儿童研究医院(St. Jude Children’s Research Hospital)的研究人员通过ICELL8 Single-Cell System的SMART-Seq应用,结合多重基因组编辑技术描述了急性红白血病(acute erythroid leukemia,AEL)的特征。AEL是一种罕见的侵袭性急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML),预后效果差、遗传基础不稳定,并且在诊断方面也存在争议。该小组开发的临床前模型表明,组合式突变模式与AEL的药物敏感型相关。研究发现对疾病治疗的发展具有重要意义。
 
Magi, S. et al. A combination approach of pseudotime analysis and mathematical modeling for understanding drug-resistant mechanisms. Sci Rep 11(1), 1-13 (2021).
来自大阪大学蛋白质研究所的冈田真理子教授(Mariko Okada)团队将乳腺癌单细胞RNA测序分析与数学建模相结合,推动了对癌细胞获得耐药性过程的深入理解。研究团队利用ICELL8 Single-Cell System对MCF-7细胞关于他莫昔芬(tamoxifen, TAM)抗性的转录水平变化进行了检测。基于该团队建立的模型,可以预测并通过实验验证抑制细胞向耐药亚型转化,可以防止他莫昔芬耐药性的出现。
 
Zowada, M. K. et al. Functional States in Tumor-Initiating Cell Differentiation in Human Colorectal Cancer. Cancers 13, 1097 (2021).
来自海德堡国家肿瘤疾病中心(NCT)和德国癌症研究中心(DKFZ)的研究人员通过ICELL8 Single-Cell System将结直肠癌(CRC)细胞与正常的肠上皮细胞群进行了比较,对其特征进行了描述。研究发现,生理亚群与病理亚群在细胞能量代谢方面表现出不同的模式,与结直肠癌肿瘤起始活动存在联系。
 
Tirier, S. M. et al. Pheno-seq - linking visual features and gene expression in 3D cell culture systems. Sci. Rep. 8, 12367 (2019).
来自柏林查理特医科大学/柏林健康研究院数字健康中心的研究人员利用ICELL8 Single-Cell System实现了一种名为“pheno-seq”的高通量定制测序流程。ICELL8 Single-Cell System可以将经过3D培养的细胞球状体分注到微孔芯片中用于构建测序文库,同时可对分选的球状体进行共聚焦成像。通过“pheno-seq”,研究人员成功发现肿瘤细胞形态特征与其转录分析的相关性。并指出与单细胞分析相比,在肿瘤细胞中对单个细胞球状体进行分析可以提高检测灵敏性(可以鉴定单细胞RNA-Seq遗漏的关键转录本信息)。
 
Kim, C. et al. Chemoresistance evolution in triple-negative breast cancer delineated by single-cell sequencing. Cell 173, 879-893.e13 (2018).
来自MD安德森癌症中心的研究人员在本项研究中介绍了三阴性乳腺癌对新辅助化疗(NAC)耐药性的演变模型。研究应用了单细胞DNA测序与单细胞RNA测序。使用ICELL8 Single-Cell System,作者对来自接受NAC的三阴性乳腺癌患者冻存样品进行了单细胞核分选,并构建单细胞核RNA测序文库。化疗后癌细胞克隆灭绝患者的单细胞核RNA测序结果显示,平均~500个细胞核得到检测,每个细胞检测到4,107个基因;化疗后癌细胞克隆持续患者的单细胞核RNA测序结果显示,平均~400个细胞得到检测,每个细胞检测到5,166个基因。
 
Gao, R. et al. Nanogrid single-nucleus RNA sequencing reveals phenotypic diversity in breast cancer. Nat. Commun. 8, 228 (2017).
来自MD安德森癌症研究中心的研究人员利用ICELL8 Single-Cell System证明了在癌细胞系中,单个细胞的转录分析数据与单个细胞核的转录分析数据间具有很强的一致性。
常见的单细胞RNA-Seq方案并不适用于冻存组织类型来源的癌细胞转录组分析,冻存过程会破坏细胞膜。操作灵活的ICELL8 Single-Cell System可以对细胞核进行分选,并进一步完成RNA-seq文库构建,获得高质量RNA-seq数据。该研究为处理档案样品提供了有力的解决方案,因为核膜通常不会因为多次冻融而被破坏。
 
表观遗传学
Meers, M. P. et al. Multifactorial chromatin regulatory landscapes at single cell resolution. bioRxiv 2021.07.08.451691 (2021).
来自弗雷德-哈钦森癌症研究中心的研究人员基于利用ICELL8 Single-Cell System开发了一种名为MulTI-Tag(Multiple Target Identification by Tagmentation)的多因素染色质分析方法。该方法可以对同一样本中不同的染色质关联蛋白进行检测与比较。经过优化后,该方法保留了对单个细胞内多种染色质靶点检测的高灵敏性与特异性。通过MulTI-Tag方法获得的测序结果可用于进行全面的细胞类型表征,以及挖掘与发育和疾病基因调控相关的全新组蛋白关联信息。
 
Wu, S. J. et al. Single-cell analysis of chromatin silencing programs in developmental and tumor progression. bioRxiv 2020.09.04.282418 (2020).
来自弗雷德-哈钦森癌症研究中心的研究人员为染色质沉默检测着手开发了一个可扩展框架。
使用CUT&Tag的单细胞平台变体形式,作者开发了复杂组织的染色质景观分析。ICELL8 Single-Cell System的成像功能大大简化了QC的过程,可以移除不含细胞或多细胞数据的干扰。
该研究可以帮助解码基因表达背后的表观遗传过程,帮助更好地理解异质性细胞群体中的疾病状态。
 
Kaya-Okur, Hatice S., et al. CUT&Tag for efficient epigenomic profiling of small samples and single cells. Nat. Commun. 10, 1930(2019).
在该项目中,来自弗雷德-哈钦森癌症研究中心的研究人员介绍了一种全新的高通量表观遗传学分析方法,及其开发过程。该方法命名为CUT&Tag,用于高分辨率的染色质图谱研究。CUT&Tag方法通过对已存在的CUT&RUN酶锚定技术进行改进而来,可以获得转录因子结合处DNA序列用于测序。此外,CUT&Tag方法可以直接生成用于PCR扩增的序列片段,大大提高了检测灵敏度范围,并可用在单细胞分析中。
对于单细胞CUT&Tag,研究人员利用ICELL8 Single-Cell System轻柔分选和成像功能的优势,对抗体预处理过的透化细胞进行分选。此外,通过微孔芯片分注的建库方式也简化了单细胞index序列添加过程。
 
Mezger, A. et al. High-throughput chromatin accessibility profiling at single-cell resolution. Nat. Commun. 9, 3647 (2018).
为检测细胞中DNA的物理可及性,研究人员开发了一种基于单细胞的检测方法,通过测序对转座酶可及的染色质进行分析(scATAC-seq)。该分析方法利用了ICELL8 Single-Cell System开放性操作的优势,提升了检测通量,并节约了单个细胞的成本。
 
免疫学
Kobayashi, S. et al. Integrated bulk and single-cell RNA-sequencing identified disease-relevant monocytes and a gene network module underlying systemic sclerosis. J. Autoimmun. 102547 (2020).
来自东京大学医学部过敏与风湿病系的研究人员利用ICELL8 Single-Cell System将单细胞RNA测序与组织样品RNA测序整合,用于鉴定疾病相关单个核细胞以及系统性硬化症背后的基因调控网络。研究鉴定出了与系统性硬化症病理生理学相关的基因网络模块和一类单个核细胞,可能帮助发现系统性硬化症治疗的新候选靶点。
 
Litjens, N. H. R. et al. Validation of a combined transcriptome and T cell receptor alpha/beta (TRA/TRB) repertoire assay at the single cell level for paucicellular samples. Front. Immunol. 11, 1999 (2020).
来自鹿特丹伊拉斯姆斯大学医学中心的研究人员在单细胞水平下,将转录组学与TRA/TRB克隆型数据相结合,对如何分析细胞分布稀少的临床样品展开了研究。作者通过ICELL8 Single-Cell System成功完成了对两种临床来源CD3+ T细胞的单细胞RNA-seq文库构建。研究获得的发现有助于对异质性样本中单个T细胞反应检测的进一步研究,同时可以帮助提升治疗方法。
 
发育生物学
Schmidt, J. et al. Biallelic variants in YRDC cause a developmental disorder with progeroid features. Hum genet 140(12), 1679–1693 (2021).
来自哥廷根大学医学中心的研究人员使用ICELL8 cx单细胞平台SMART-Seq对YRDC(highly conserved YrdC domain-containing protein)中一个纯合突变(p.Ile211Thr)的影响进行了研究。通过单细胞RNA测序分析了患者成纤维细胞中基因表达的变化情况。结合其他功能分析结果,研究人员认为双等位基因突变的YRDC与发育障碍有关联,如节段型早老综合征(segmental progeroid syndromes)。同时可能导致tRNA的修饰缺陷、端粒短缩以及基因组不稳定性增加。
 
Shomroni, O. et al. A novel single-cell RNA-sequencing platform and its applicability connecting genotype to phenotype in ageing-disease. bioRxiv 2021.10.25.465702v1 (2021).
哥廷根大学医学中心的研究人员对来自6例不同节段型早老综合征患者的真皮成纤维细胞进行了研究。研究人员采用一种全新的方法,将ICELL8 Single-Cell System与先进的细胞分选技术相结合,进一步增加了一次实验中捕获的细胞数量。利用该方法,研究人员对与衰老障碍相关的途径和表达进行了定义。
 
Zhang, H. et al. MLL1 inhibition and vitamin D signaling cooperate to facilitate the expanded pluripotency state. Cell Rep. 29, 2659-2671.e6 (2019).
为了研究H3K4甲基转移酶MLL1抑制如何影响胚胎干细胞(ESCs)命运,来自密歇根大学和阜外医院心血管疾病国家重点实验室的研究团队通过单细胞分辨率下检测基因表达变化对ESCs的异质性进行了分析。使用ICELL8 Single-Cell System分选获得了4,610个单细胞。经ICELL8 CellSelect软件分析,选出4,413个高质量单细胞进行测序文库构建。检测结果表明,基于ESCs阶段Ⅰ和阶段Ⅱ的代表性差异表达基因可以对MLL1抑制后的异质性进行确认。
 
Yang, S. H. et al. ZIC3 controls the transition from na?ve to primed pluripotency. Cell Rep. 27, 3215-3227(2019).
来自曼彻斯特大学的研究人员对小鼠胚胎干细胞从幼稚态(naive)向上皮样细胞(EpiLCs)转变过程中,染色质的开放情况进行了研究。使用ICELL8 Single-Cell System,研究人员对冷冻细胞进行了单细胞RNA-seq建库。通过ATAC-seq和单细胞基因表达分析,研究人员发现ZIC3作为重要调控转录因子对EpiLCs状态的建立与维持发挥重要作用。
 
Bergiers, I. et al. Single-cell transcriptomics reveals a new dynamical function of transcription factors during embryonic hematopoiesis. Elife 7, e29312 (2018).
在本项研究中,来自欧洲分子生物学实验室(EMBL)的研究人员介绍了:应用单细胞转录组学表征小鼠胚胎内皮细胞在胚胎造血作用期间转录因子复合体的动态变化。使用ICELL8 Singl-Cell System对i8TF胚胎干细胞进行了分选和单细胞RNA-seq文库构建。通过单细胞RNA-seq对基因调控网络进行了分析。研究发现了7个转录因子,它们对造血干/祖细胞前体特异性共表达。此外,在7个转录因子中,Erg和Fli1参与内皮细胞命运调控,Runx1和Gata2参与造血相关细胞命运调控。
 
Aarts, M. et al. Coupling shRNA screens with single-cell RNA-seq identifies a dual role for mTOR in reprogramming-induced senescence. Genes Dev. 31, 2085-2098 (2017).
通过平行进行单细胞RNA-seq与shRNA筛选,可以显著提升功能筛选研究中候选基因的鉴定与验证进度。来自帝国理工学院的研究人员对衰老诱导重编程中的介导因子进行了研究。利用ICELL8 Single-Cell System对感染过候选基因shRNAs的细胞进行RNA-seq文库构建。研究发现mTOR的抑制在细胞重编程期间表现出拮抗效应。ICELL8 Single-Cell System灵活开放的特性让研究人员可以同时进行shRNA鉴定和单细胞转录组分析。
 
其他
Jackson, N. D. et al. Single-cell and population transcriptomics reveal pan-epithelial remodeling in type 2-high asthma. Cell Rep 32, 107872 (2020).
来自美国国家犹太健康中心(National Jewish Health)的研究人员展示了过敏性哮喘如何从根本上改变人们的气道,使鼻腔上皮细胞难以清除外来污染,抵抗感染。利用ICELL8 Single-Cell System,研究人员开展了单细胞RNA测序,检测到了被IL-13刺激的细胞。IL-13是一种过敏性哮喘的关键信号蛋白。研究结果为恢复正常上皮细胞功能的治疗策略提供了重要信息。