FFPE样本中162个乳腺癌相关基因的高效预扩增

 
使用Prelude PreAmp Master Mix,对FFPE样本中162-target breast cancer panel进行检测。
首先,使用NucleoSpin total RNA FFPE (Code No. 740982.10) 提取FFPE组织样品中的total RNA,然后使用PrimeScript RT Master Mix (Perfect Real Time) (Code No. RR036A)进行反转录反应合成cDNA,然后使用Prelude PreAmp Master Mix对cDNA进行14个循环的预扩增。使用SmartChip TB Green Gene Expression Master Mix (Code No. 640211) 试剂,在SmartChip Real-Time PCR System (Code No. 640022) 系统上对预扩增的cDNA样本进行检测。
使用6个管家基因的平均数作为标准计算ΔΔCt值,根据下方文献中介绍的方法制图。
由于分析性能和样品质量的高变异性,使用±1.5 Ct值来确定扩增是否无偏向性。
结果显示,对具有挑战性的FFPE组织样本中的大量靶序列进行预扩增,仅有很少数预扩增出现了偏差,97%(157/162)的分析结果在可接受的阈值范围内。
 
 
使用A公司产品,在其推荐的操作流程下,进行了类似的试验。
再次使用6个管家基因的平均数作为标准计算ΔΔCt值,根据下方文献中介绍的方法制图。
由于分析性能和样品质量的高变异性,使用±1.5 Ct值来确定扩增是否无偏向性。结果显示,使用A公司产品进行预扩增相对的偏差更大,仅有91%的分析结果在±1.5的阈值范围内—偏差量是使用Prelude PreAmp Master Mix预扩增时的三倍。因此,和A公司产品相比,Prelude PreAmp Master Mix的预扩偏差更小。
 
 
Product No. assays within ±1.5 Percent bias
Prelude PreAmp 157/162 3%
A公司 142/162 9%
Takara Bio USA, Inc.比较数据
 
参考文献
Livak, K. J. & Schmittgen, T. D. Analysis of Relative Gene Expression Data Using Real-Time Quantitative PCR and the 2-ΔΔCT Method. Methods 25, 402–408 (2001).