标准操作流程
(TaKaRa PCR Amplification Kit)

 
[使用TaKaRa PCR Thermal Cycler Dice时]
 
A. 对照反应
本试剂盒包含λDNA和扩增λDNA的6,012 bp及500 bp目的序列所需的引物。
 
1. 按下述所示制备反应液。
  反应液量 终浓度
 10 × LA PCR Buffer (Mg2+plus)* 5 μl  [1×]
 dNTP Mixture 4 μl  各200 μM
 Control Primer1 0.5 μl  0.2 μM
 Control Primer2 or 3 0.5 μl  0.2 μM
 TaKaRa Taq 0.25 μl  1.25 U/50 μl
 Control Template 0.5 μl  0.5 ng/50 μl
 灭菌水 39.25 μl  
 Total 50 μl  
* 依需要可以使用10×PCR Buffer(Mg2+ free)和MgCl2溶液替代。
 
2. 将反应管放入TaKaRa PCR Thermal Cycler Dice中。
 
3. 按以下条件进行设定。
 
使用Control Primer 1,2时(扩增6,012 bp) 
 
94℃、1 min(denaturation)   30 cycles
68℃、4 min(annealing and extension)
72℃、5 min   1 cycle
 
使用Control Primer 1,3时(扩增500 bp) 
 
94℃、30 sec(denaturation)   25 cycles
55℃、30 sec(annealing)
72℃、30 sec(extension)
72℃、2 min   1 cycle
 
按以上条件对Control Template的目的序列进行扩增。 
 
B. 样品反应
实验过程大致与对照反应相同。
PCR反应一般以变性、退火、延伸3个阶段的温度变化为基础反应,但是当扩增长片段时(≥6kb),将退火与延伸合并进行2个阶段温度变化(shuttle PCR)的反应更适合。
但是,需要按照目的序列大小、引物大小及碱基序列设定变性、退火、延伸各步骤中的适宜条件(温度、时间)。
 
C. 电泳
反应结束后的溶液取5~10 μl加入1/6量6×Loading Buffer,样品加入到凝胶孔中,进行电泳。凝胶的种类及浓度依DNA的大小、目的不同区分使用。
电泳后的凝胶浸入1μg/ml溴乙锭溶液中20~30分钟,染色后紫外照射确认DNA条带。
 
操作注意事项
· 将试剂盒中的试剂混匀、离心后使用。注意, TaKaRa Taq需使用移液器轻柔混匀。此外,各试剂至使用前于冰上保存。
· 如果样品DNA中混有蛋白酶污染,可在热变性步骤之后加入TaKaRa Taq。将蛋白酶失活,防止TaKaRa Taq分解。
· 样品DNA的制备方法不同,10×PCR Buffer(Mg2+ plus)中Mg2+的浓度可能不合适。此时,需要使用10×PCR Buffer(Mg2+ free)
   改变Mg2+浓度进行预实验,以确认适宜的Mg2+浓度。