易形成二级结构DNA片段的扩增例

 
与GC rich模板相同,易形成二级结构的模板使用以往的Taq酶也经常难以进行PCR扩增。
以下是以易形成二级结构的DNA片段为模板,扩增2.7 kbDNA片段的扩增例。从图1可以看出,使用以往的Taq酶只获得了非特异性扩增产物,而使用TaKaRa LA Taq (LA PCR Buffer II)可进行很好地PCR扩增。
无PCR扩增产物时,一般进行循环圈数的研讨及变更引物的设计等,而使用扩增效率优良的TaKaRa LA Taq (LA PCR Buffer II)即可提高扩增效果,建议使用此酶。
 
Template 易形成二级结构的cDNA
  (用EcoR I酶切后插入到pBluescript II的模板)
扩增片段大小 2.7 kb
Primer Custom long primer (30~32 mer)
  (各10 pmol/50 μl PCR)引物序列与Application实验中(GC rich DNA片段的扩增例)相同
dNTP Mixture 以7-deaza-dGTP替代dGTP
 
PCR反应条件
                    94℃ 1 min
                     ↓
98℃ 20 sec   30 cycles
68℃ 3 min  
使用TaKaRa PCR Thermal Cycler 480)
 
* 检测样品由庆应大学·分子生物学学科的高柳先生提供。