Takara



GC rich片段的扩增例


模板DNA为GC rich序列时，使用以往的Taq DNA Polymerase通常难以进行PCR扩增。TaKaRa LA Taq和TaKaRa Ex Taq同以往的Taq DNA Polymerase相比，扩增效率高，可对一般难以扩增的DNA片段进行PCR扩增。

下面是GC含量为70%的DNA片段大小为3 kb的扩增例。
图1对使用普通Taq DNA Polymerase和TaKaRa Ex Taq、TaKaRa LA PCR Kit Ver. 2的PCR扩增进行了比较。结果显示，普通Taq酶不能扩增的GC rich DNA片段，使用TaKaRa Ex Taq、TaKaRa LA PCR Kit Ver. 2可进行良好的PCR扩增。 GC rich DNA片段进行PCR扩增时，以7-deaza-dGTP替代dGTP有时可获得良好的扩增结果。如果想提高扩增效率，将dGTP和7-deaza-dGTP（或dTTP）混合后再使用可获得更好的扩增结果（图2）。根据扩增片段的种类可优化dGTP和7-deaza-dGTP（或dTTP）的混合比例，建议进行各种条件的研讨决定最佳混合比例。

* Primer序列
M3-30 (将M3 Primer延长的DNA序列) 5'-CAGTCACGACGTTGTAAAACGACGGCCAGT-3'
RV-32 (将RV Primer延长的DNA序列) 5'-GATAACAATTTCACACAGGAAACAGCTATGAC-3'
Template：	VIII-5-pUC118 (大小为3 kb的GC rich DNA片段用Hind III酶切后插入到pUC118中)
扩增片段大小：	约3 kb
Primer*：	Custom long primer (30～32 mer) (各10 pmol/50 μl PCR)
dNTP Mixture：	以7-deaza-dGTP替代dGTP
PCR条件：	94℃ 1 min
	↓
	98℃ 20 sec.	30 cycles
	68℃ 5 min.
(使用TaKaRa PCR Thermal Cycler 480)