根据我们的经验，如为高拷贝质粒（如：pUC118等），使用2 ml培养液与4 ml培养液纯化的质粒DNA的收量差别不是很大，可以纯化10～15 μg高纯度质粒DNA。我们一般使用2 ml的菌体培养液进行质粒DNA提取。
对于低拷贝质粒，使用4 ml的菌体培养液进行质粒DNA的提取比较合适。如使用pBI121质粒时，从4 ml的菌体培养液中，可以纯化提取2～3 μg的高纯度质粒DNA。若质粒量仍不够可以多次提取后混合使用。
一般情况下，从2 ml的LB培养基进行过夜培养的pUC118/JM109培养液中，可以纯化约10 μg高纯度质粒DNA。质粒DNA收量较低时，可以从以下几个方面考虑：
① 大肠杆菌太陈旧（低温下长期保存的菌等）。请涂布平板培养后，重新挑选新菌落进行液体培养。
② 质粒拷贝数低。使用低拷贝数载体时，每次产出的质粒DNA量会降低。
③ 确认操作过程的严密性。应严格按操作方法进行操作。
④ 洗脱时将灭菌蒸馏水或Elution Buffer加热至60℃后使用有利于提高洗脱效率。
① 菌体量过多，不能充分溶菌。使用本试剂盒时，每次可处理的菌体培养液为1～4 ml，菌体量过多时，需要按照比例增加Solution I\II\III的加量。
② 菌体沉淀悬浮不充分。在加入Solution Ⅰ后，应使用振荡器（Vortex）等进行剧烈振荡使菌体沉淀充分悬浮后再做溶菌处理。
① 模板DNA加量不准。请对质粒DNA正确定量。使用吸光度值定量时，有时DNA溶液中的不纯物会影响吸光度值的测定，此时建议使用琼脂糖凝胶电泳法进行定量。
② 质粒DNA纯度不好。请严格遵守实验操作要求，使用新鲜菌体培养液提取质粒。
③ 进行DNA洗脱时用灭菌蒸馏水洗脱。
④ DNA插入片段本身立体结构复杂。有些DNA立体结构复杂（如GC rich、重复序列等）时难以测序，应改进测序方法。
我们建议的洗脱体积为30-100 μl，此种洗脱体积下收率最佳（但要注意洗脱液需直接加至膜中心），低于30 μl时收率会有所下降，当对质粒DNA浓度要求较高时，也可以减少洗脱液体积至20 μl，但回收率会略有下降，应注意使用预热的洗脱液洗脱，并在洗脱离心之前静置1分钟以上，以增加洗脱效率。
① 加入Solution II后所有的振荡要轻柔，不可剧烈；
② 加入Solution II后裂解时间不宜过长，不可超过5分钟；
③ 提取的菌体培养时间不可过长，培养12-16小时为宜。
① 确保Solution I中已经加入了RNase A；
② 加入RNase A的Solution I应于4℃保存，若保存超过3个月，RNase A活性会下降，可以重新额外添加RNase A（Code No．2158）。
页面更新：2020-04-28 15:20:04
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