高品质的FFPE样本测序文库解决方案

机构用户解决方案

产品选择指南

一般PCR相关制品

PCR Enzyme的选择 PCR原理说明高成功率PCR优选酶：TaKaRa Ex Premier 高保真酶：PrimeSTAR系列基本PCR：Taq、Ex Taq、LA Taq系列无需提取的直接PCR：MightyAmp系列菌落PCR、预混染料的PCR酶特殊用途：多重PCR，防污染等高端PCR酶（Clontech） DNA PCR相关制品 RT-PCR试剂盒具备反转录活性的PCR酶：TaKaRa Tth PCR仪器
等温扩增相关制品

等温扩增酶
定量PCR相关制品

qPCR学习中心 qPCR套装反转录反应（qPCR专用）反转录反应试剂(Clontech) 嵌合荧光法检测(Takara) 嵌合荧光法检测(Clontech) miRNA 嵌合荧光法检测探针检测 Cycleave探针检测 qPCR－仪器 qPCR Primer qPCR－RNA/DNA的制备
cDNA合成 & 克隆

克隆学习中心 DNA Ligation TA克隆和平滑末端克隆 In-Fusion无缝克隆 cDNA合成&文库构建 SMART全长cDNA合成&文库构建 Random Mutagenesis Site-Directed Mutagenesis 基因组DNA序列调取试剂盒 Vector（克隆用）感受态细胞修饰酶/Ligases 修饰酶/磷酸酶、激酶修饰酶/DNA & RNA Polymerase 修饰酶/焦磷酸酶修饰酶/RTase、RNase Inhibitor 修饰酶/核酸酶、拓扑异构酶 Nucleotide Buffer（Powder）etc. 用于mRNA生产的酶（HQ级） Others（基因工程相关制品）
NGS相关制品

NGS 学习中心单细胞 RNA-Seq 单细胞 DNA-Seq RNA-Seq DNA-Seq 生殖健康表观遗传学分析免疫库分析单细胞分选系统 NGS关联制品 PCR酶（NGS用）
自动化系统

自动化学习中心高通量单细胞分选系统ICELL8 cx 及其应用高通量Real-Time PCR系统高通量单细胞分选系统ICELL8应用
核酸提取、纯化及DNA标记

DNA片段、质粒DNA纯化基因组DNA纯化试剂(柱式法) 基因组DNA纯化试剂(试剂型) RNA提取、纯化试剂(柱式法) RNA提取、纯化试剂(试剂型) RNA保存试剂 Small RNA提取试剂体液样品exosome提取试剂病毒核酸纯化试剂盒酵母核酸纯化试剂盒核酸提取及纯化制品-Others DNA标记标记DNA-蛋白质的回收
限制酶

限制酶基本信息常规限制酶系列产品 QuickCut限制酶 RNA限制酶
电泳相关制品

核酸染料 DNA Markers RNA Markers 蛋白质Markers Agarose Loading Buffer 常用缓冲液方便装电泳相关装置
蛋白质互作研究（酵母杂交系统）

Takara酵母杂交学习中心 Matchmaker^® Gold酵母双杂系统 Matchmaker^® Gold酵母单杂系统互作的确认和评价 Matchmaker相关制品
表达调节及蛋白质性能分析

iDimerize^™蛋白质互作诱导系统 ProteoTuner^™蛋白质调节系统 Tet诱导表达系统
蛋白质表达相关制品

E.coli蛋白质表达 Brevibacillus/Bacillus蛋白质表达哺乳动物细胞蛋白质表达昆虫细胞蛋白质合成(Clontech) 无细胞蛋白质合成系统 Protein Refolding
蛋白质纯化、分析和检测

Capturem新型膜技术应用蛋白质样品制备 His标签融合蛋白质纯化 GST标签融合蛋白质纯化生物素标签融合蛋白质纯化 DYKDDDDK标签融合蛋白质纯化 Myc标签融合蛋白质纯化抗体纯化蛋白质IP&Co-IP 糖/磷酸化蛋白质纯化蛋白质检测蛋白质电泳胶染色蛋白质定量蛋白酶（His标签去除）蛋白酶（氨基酸序列分析）
基因导入（Virus、Vectors）

病毒基因传递系统选择向导重组慢病毒(Lentivirus)制品重组逆转录病毒(Retrovirus)制品重组腺相关病毒(AAV)制品重组腺病毒(Adenovirus)制品哺乳动物细胞用载体酵母、丝状真菌用载体植物用载体
转染试剂

Xfect转染试剂选择向导质粒转染试剂 RNA转染试剂 Protein转染试剂
干细胞研究相关制品

干细胞学习中心干细胞基因操作 (Cell reprogramming) 细胞 (Cell) 细胞培养产品 (Cell culture) 抗体 (Antibodies) 分化试剂盒和多能性监测 (Pluripotency and Differentiation ) 基因编辑（Gene Editing）
表观遗传学相关制品

甲基化DNA富集相关制品 PCR/qPCR相关制品 Control Genome DNA 甲基化DNA相关酶制品亚硫酸氢盐处理相关制品
基因组编辑相关制品

CRISPR/Cas9 Cre重组酶基因敲入用长单链DNA制备
荧光蛋白质 & 报告系统

荧光蛋白质按颜色、名称分类荧光蛋白质按用途分类荧光蛋白质相关制品报告系统
抗体 & ELISA & 细胞信号转导

细胞增殖、细胞毒性测定细胞凋亡（Takara）细胞凋亡（Clontech） EIA试剂盒（Takara）免疫染色关联制品细胞信号转导（Clontech）酶活性测定试剂盒脂肪细胞、骨细胞分化试剂抗体（Takara）
细胞 & 培养相关制品

细胞培养相关制品细胞生物学检测试剂细胞解冻仪器
microRNA & RNAi研究相关制品

RNA合成提取及纯化制品 microRNA定量PCR miRNA表达 Small RNA克隆 shRNA表达检测合成siRNA定量 RNAi相关制品
Library & cDNA & RNA

Human cDNA libraries series Mouse cDNA libraries series Rat cDNA libraries series cDNA、Genome DNA Total RNA & Poly A⁺ RNA
糖工学相关制品

糖工学酶糖工学试剂盒 Glycosphingolipid解析试剂
应用检测（食品-环境-人）

活菌DNA检测相关制品防污染相关制品食物中毒检测（PCR）食物中毒检测 (Real Time PCR) 食物中毒检测 (按Target选择) 肉种鉴定相关制品水质检测人感染症检测菌种鉴定支原体检测
仪器相关制品

PCR仪器支持中心 Q-PCR仪 E-PCR仪电泳仪器产品
Clontech相关组分信息表

Clontech相关组分信息表

技术服务信息

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『石以砥焉，化钝为利！』Takara匠心打磨FFPE样本分析利器

工欲善其事必先利其器，分析FFPE样本必须选对技术与试剂。本专题将向您介绍Takara科学家匠心打磨出的FFPE样本分析利器，帮您填平FFPE样本核酸扩增难、定量难、NGS建库难、结果一致性不足这几个大坑，使分析FFPE样本变得都挺好。

福尔马林固定石蜡包埋（Formalin-Fixed and Paraffin-Embedded, FFPE）技术是一种先用福尔马林固定，再用石蜡包埋临床组织样本的处理方法。由其可长期常温保存的特点被全球的医院或组织样本库大量采用，供组织学诊断及研究使用。
随着qPCR、NGS等技术发展，数亿份FFPE样本有了更大的研究价值。这些珍贵并来源广泛的医学研究材料为回顾性研究、阐明疾病发病机理、Biomarker筛查、预后指示等提供了宝贵的资源。
然而，福尔马林固定样本时，组织中的核酸容易发生不同程度的降解与分子间交联，石蜡的高温渗入又进一步加速核酸的降解，保存时间及环境对核酸也有不小影响，即FFPE样本中不易留存高品质核酸。同时，提取核酸前不当的前处理方案，不合适的扩增方法与条件也不易获得足够量的核酸。再者，若一次性分析的样本量较大，实验员的样本处理、仪器和方法之间的微小差异会引起结果发生显著变化，导致核酸质量、下游实验结果的可靠性、重复性与一致性存疑。
以上因素，让科研工作者既要面对挑战与困难，又不忍舍弃FFPE样本这一“宝藏”，to do or not to do, that’s a question?

有了Takara FFPE样本分析利器，事情正在发生变化！

突破瓶颈，DV200=25%的FFPE样本进行RNA-Seq研究成为可能！

从FFPE样本中分离纯化核酸进行NGS分析研究逐渐成为重要手段，但由于FFPE样本容易发生核酸的降解和损伤，所以从有限且珍贵的FFPE样本中获得完整且准确的信息进行建库测序无疑是“难于上青天”！Takara倾力打造的SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2- Pico Input Mammalian，具有难以置信的RNA品质包容度，可以5-50 ng FFPE来源的total RNA起始，即使是品质较差的样本，也可以构建高品质的文库！同时采用全新的Zap R v2 R-Probes v2核糖体cDNA去除技术，不需要进行rRNA去除的前处理操作，不要太好用！

快人一步，仅需2h即可完成FFPE样本的DNA-Seq文库构建！

FFPE样本，作为生物和医学领域的重要样本来源，广受研究者的青睐。但由于多种因素影响，一般从FFPE样本中难以获得高质量且足量的DNA。因此在构建文库时，文库的转化效率差，文库片段较小，测序重复序列较多，覆盖度较低等一系列问题颇受诟病！ThruPLEX DNA-Seq Kit使用特别的茎环型接头，整个建库过程无需转管和纯化，可以100 ng FFPE来源的DNA起始2小时内完成构建文库，从而实现对FFPE样本进行有效分析！

（以上比较数据来源于Takara Bio USA ,Inc.）

推荐阅读

当ThruPLEX技术遇上FFPE样本，会带来怎样的“神仙操作”!

应用文献

1. B. Lawrence ., Recurrent loss of heterozygosity correlates with clinical outcome in pancreatic neuroendocrine cancer. npj Genomic Medicine (2018)

2. S-F Chin et al., Shallow whole genome sequencing for robust copy number profiling of formalin- fixed paraffin-embedded breast cancers. bioRxiv Prepr. (2017).

3. P. Cejas et al., Chromatin immunoprecipitation from fixed clinical tissues reveals tumorspecific enhancer profiles. Nat. Med. 22, 685–691 (2016).

FFPE样本难扩增？改良的MightyAmp^™ Ver.3发挥威力！

数量巨大的FFPE样本蕴含着无限的科学研究机会，但同时也是研究者们很棘手的研究对象，如何从样本中获得生物信息就显得至关重要。PCR技术作为分子检测领域中较为普遍的技术，大大提高了FFPE组织样本的临床应用。
Takara作为PCR酶的重要企业，自1994年开始销售PCR酶以来，为了满足科研人员的各种要求，一直致力于新产品的开发。特别研发的MightyAmp^™ 系列具有很强的扩增性能，对于使用普通PCR酶难以扩增的样本，也显示出很好的扩增能力，如含有大量PCR阻害物的生体粗提样本。
MightyAmp DNA Polymerase Ver.3是对MightyAmp DNA Polymerase进行了改良，这种改良后的PCR酶和Buffer组合使用，可进一步增强对PCR阻害物的抵抗性。此外，也提高了血液、动植物组织等生物体样本直接加入到反应液中的Direct PCR的反应性能。无论是PCR阻害物含量较多的粗提样本，还是GC Rich、AT Rich的模板均可在宽广的模板范围内进行有效扩增，并根据需要将试剂盒中附带的10×Additive for High Specificity添加到PCR反应液中可提高PCR扩增的特异性和检测灵敏度。

操作流程

更多详情

MightyAmp^™ DNA Polymerase Ver.3

关联资料

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一步法cDNA合成反应，操作简单。Takara RT-qPCR方案高灵敏度定量FFPE来源miRNA！

癌症已经成为人类的“杀手”，较难医治。国际抗癌联盟认为，1/3的癌症是可以预防的，1/3的癌症如能早期诊断是可以治愈的，1/3的癌症可以减轻痛苦，延长生命。FFPE样本作为生物和医学领域的重要样本来源，已经成为许多研究人员重要的癌症研究材料。
当前，研究人员更迫切需要一种快速有效的癌症研究方法。RT-qPCR就是一种可以快速，灵敏地定量基因表达的技术，能从相对少量的起始材料（如FFPE样本）中检测mRNA，miRNA，lncRNA的差异表达。该技术应用广泛，检测灵敏度高，检测低拷贝RNA非常实用。
这其中需要特别说明microRNA的定量研究。microRNA是一类被广泛关注的非编码RNA，对植物和动物的基因表达有着非常重要的调控作用。长度为22 nt左右，与普通的捕获探针或PCR引物的长度相当，并且GC% 含量从5%-95%，差异较大，普通检测方法很难获得足够的灵敏度，所以需要针对microRNA优化qPCR体系。
Takara提供用于microRNA定量检测的Mir-X^™ 系列产品。Mir-X^™ 系列为简单的一步法cDNA合成系统、一次反转FFPE样本中的不同microRNA。试剂盒附带通用的PCR下游引物，只需设计特异性的上游引物即可。可对低至50 copies的microRNA进行检测，灵敏度高。高度特异性检测不同的miRNA变种。

更多详情

Mir-X^™ miRNA qRT-PCR TB Green^® Kit

应用文献

1. Makino, K. et al. Inhibition of uterine sarcoma cell growth through suppression of endogenous tyrosine kinase B signaling. PLoS One 7, e41049 (2012).

2. Jiang, Y. et al. Aberrant expression of RSK4 in breast cancer and its role in the regulation of tumorigenicity. Int. J. Mol. Med. 40, 883–890 (2017).

3. Taek Sang Lee et al. Aberrant MicroRNA Expression in Endometrial Carcinoma Using Formalin-Fixed Paraffin-Embedded (FFPE) Tissues. PLoS One. 2013; 8(12): e81421.

一次最多运行5184个qPCR反应的Real-Time PCR系统，高通量检测FFPE来源miRNA！

数以亿份的FFPE样本保存着巨大的科学研究价值。除核酸提取、建库等难题外，如何高效、快速、准确地完成大量样本的分析检测工作，也同样是需要面对的挑战。
SmartChip Real-Time PCR System是高通量qPCR系统。一次运行可同时进行最多5,184个qPCR反应。灵活的Assay × Sample组合，可添加或删除各个PCR反应。2小时即可完成qPCR反应和数据分析。100 nL反应体系，既保证检测的灵敏度，又节约了试剂成本。

SmartChip Real-Time PCR系统凭借高通量、灵活性强的特性帮助许多研究人员对各类型样本中的核酸进行检测分析。
来自卢森堡联合生物样本库（Integrated Biobank of Luxembourg, IBBL）的研究人员，对不同固定处理时间的不同组织FFPE样本中miRNA和snoRNA（small nucleolar RNA，核仁小RNA）进行了分析研究。MicroRNAs（miRNAs）因其结构短小，即使在FFPE样本中依然有很好的稳定性。当前研究表明，miRNAs可以作为生物标志物用于疾病诊断，如癌症相关研究。凭借SmartChip系统高通量、高重复性的表现，配合我们的SmartChip Human miRNA Panel v3.0，研究人员完成了对超过1,000个miRNA和snoRNA的分析工作，并进一步开发出了“snoRNA score”评价系统，一次运行即可对40种样本进行评价检测，该评价系统可以帮助更多研究人员对FFPE样本进行评价分析。

工作流程：