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【战疫情】Takara NGS解决方案助力战胜新冠疫情!
 
2020年注定是难忘的一年,新年伊始,新型冠状病毒引发的疾病(COVID-19)疫情就一直牵动着千千万万人的心。
Takara作为分子生物学试剂行业内的重要一员,愿以高品质、高稳定性、高性价比的产品和高效率的服务,为战胜疫情贡献绵薄之力。
 
Takara助力新冠病毒的NGS检测解决方案
相比现阶段应用广泛的RT-PCR检测方法,NGS技术不仅可以有效诊断病毒感染,还可以直接获得病毒的全基因组序列,进而全面分析病毒基因。对病毒的进化来源、致病机理机制进行研究,从而指导临床应用。而且随着时间推移,病毒很有可能发生更多变异,NGS可以动态跟踪病毒变异,不仅可以进行针对性预案,也可以为后期有效的治疗提供基础性研究依据。
 
Takara提供两种RNA-Seq文库构建解决方案,希望它们快速、简便、高效的特点,助力打赢疫情攻坚战!
 
方案一:SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2 - Pico Input Mammalian
(Code No. 634411-634414)
 
在使用鼻拭子、咽拭子、肺泡灌洗液等临床样本进行病毒NGS分析时,往往会遇到病毒含量少、样本背景复杂、建库过程PCR扩增不均一等问题,给正确分析病毒基因组信息造成困难。
 
Takara的SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2 - Pico Input Mammalian(Pico v2),可以提供微量病原体样本的宏转录组建库解决方案!
· 250 pg-10 ng 的total RNA起始量,样本稀少也能高效建库!
· 专为低质量样本设计,无需进行rRNA前处理操作
· 随机引物起始,6小时内即可制备高质量文库!
· 多篇涉及mNGS研究的文章中使用Pico v2进行文库构建,见参考文献1-4
 
【文献案例】
瑞典乌普萨拉大学的John博士采用宏转录组技术研究中枢神经系统综合征患者脑脊液中的HBV病毒,结合系统发育学发现部分HBV病毒基因组属于Genotype B和C,并与其它一些亚洲病毒基因组类似。相关成果发表在《Diagnostic microbiology and infectious disease》杂志的Meta-transcriptomic identification of hepatitis B virus in cerebrospinal fluid in patients with central nervous system disease一文中。其中,SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2 - Pico Input Mammalian用于该宏转录组文库的构建(所用的样本为150 μl脑脊液,total RNA浓度为50-200 pg/μl)。
 
【参考文献】
1. Pettersson JH, et al. Meta-transcriptomic identification of hepatitis B virus in cerebrospinal fluid in patients with central nervous system disease.[J]. Diagnostic microbiology and infectious disease, 2019,95(4).
2. Boujon CL, et al. Novel encephalomyelitis-associated astrovirus in a muskox (Ovibos moschatus): a surprise from the archives.[J]. Acta veterinaria Scandinavica,2019,61(1).
3. Temmam S, et al. Six Nearly Complete Genome Segments of a Novel Reovirus Identified in Laotian Batflies.[J]. Microbiology resource announcements,2019,8(46).
4. Temmam S, et al. A Novel Polycipiviridae Virus Identified in Pteropus lylei Stools.[J]. Microbiology resource announcements,2019,8(15).
 
方案二:SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing
(Code No. 634888-634894)
 
疫情爆发以来,科学家们在单细胞研究层面陆续发表了多篇新冠病毒的论文,旨在研究病毒潜在的感染途径,宿主细胞-病毒之间的相互作用关系等。
 
Takara的SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing由于其卓越的单细胞RNA-Seq分析性能,广泛受到研究者的青睐,可提供单细胞水平的新冠病毒的NGS研究解决方案!
· 1-1000个细胞10 pg-10 ng total RNA起始,进行快速的全转录组扩增 的total RNA起始量,样本稀少也能高效建库!
· 操作简便,单管完成cDNA制备,避免稀少珍贵的病毒样本损失!
· 基于SMART技术,文库具有出色的转录本覆盖度、基因检出数!
· 建议搭配ThruPLEX DNA-Seq Kit(Code No. R400674- R400677)完成NGS文库构建!
 
【参考文献】
Justin, T, O'Neal, et al. West Nile Virus-Inclusive Single-Cell RNA Sequencing Reveals Heterogeneity in the Type I Interferon Response within Single Cells.[J]. Journal of virology, 2019;93(6):e01778-18.
 
相信“长风破浪会有时,直挂云帆济沧海”!