| ■ 实验方案集锦 |
| 关于“用户自制实验方案”（USER-GENERATED PROTOCOL） |
| 用户自制实验方案一般基于内部概念验证实验、与客户合作、已发表文献等信息制作。我们期望用户可以成功应用这些实验方案开展研究，但根据实际开展的研究，可能需要一些必要的检查和优化。欢迎您与技术支持团队联系，获取关于用户自制和用户报告实验方案的更多详情。或参考已发表的文献确认。 |
| 使用ICELL8 Single-Cell System（或ICELL8 cx Single-Cell System）进行单细胞ATAC-Seq实验方案 |
| * USER-GENERATED PROTOCOL |
| 从RNA-seq到全基因组分析，ICELL8 Single-Cell System、ICELL8 cx Single-Cell System可以为用户的各种测序需求提供快速、自动化的单细胞分选工作流程。近期ATAC-Seq已成功在ICELL8 Single-Cell System上运行。该实验方案由斯坦福大学研究人员与Takara Bio USA, Inc. 研发团队协作开发[1]。 [1] Mezger, A. et al. High-throughput chromatin accessibility profiling at single-cell resolution. Nat Commun 9, 3647 (2018) |
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| 使用ICELL8 Single-Cell System（或ICELL8 cx Single-Cell System）进行单细胞DNA-Seq实验方案 |
| * USER-GENERATED PROTOCOL |
| PicoPLEX技术可以制备重复性高、准确性好的单细胞DNA-seq文库，广泛应用在CNV和SNV的分析研究中。本实验方案对PicoPLEX Gold DNA-seq试剂进行了面向ICELL8 Single-Cell System的适应性优化，用于高通量单细胞DNA-seq文库制备，并作为该优化的概念性验证。本方案经过调整也可适用于ICELL8 cx Single-Cell System。 |
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| ICELL8 cx Single-Cell System细胞样品准备基础知识 |
| 本细胞样品准备方案适用于使用标准培养基、培养容器，通过悬浮培养收获的细胞。这样的细胞可以培养到较高的密度，也方便通过离心收集。典型的例子包括Jurkat细胞核K562细胞。 本方案适用的ICELL8 cx下游应用包括：SMART-Seq全长转录组、3’基因差异表达，以及一些定制化应用。 |
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| ICELL8 cx系统CELLSTUDIO软件试剂配置与分注指导 |
| ICELL8 cx CELLSTUDIO v2.0软件（ICELL8 cx系统预装）可帮助研究人员通过ICELL8 cx Single-Cell System完成单细胞应用创新开发。该系统开放性的设计让用户可以更好地控制细胞分选、试剂配置，以及下游处理的各个分注步骤。开发新的应用时，可能会使用一些辅助试剂，在将其合并到正式工作流程前，需要进行必要的测试以确保能够准确分注，并减小交叉污染的可能。为帮助测试过程顺利进行，Takara Bio制作了这一份试剂配置与分注指导方案，经过测试的辅助试剂包括：PEG8000、甘油、Triton X-100、Tween-20、SDS等。 本指导方案旨在帮助研究人员节约开发应用的时间，提高应用数据质量。点击链接获取方案详细内容。 |
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| 通过ICELL8 cx Single-Cell System进行Oxford Nanopre长读长测序文库构建 |
| USER-GENERATED PROTOCOL |
| 在有些研究场景下，长读长测序（long-read sequencing）方法相比传统的短读长测序（short-read sequencing）方法，会是一个更好的选择。长读长测序文库复杂度相对更低，由于无需对转录本cDNA进行片段化处理，在融合基因检测、异构体及其他结构变异的鉴定等方面，能力进一步提升。 本方案通过对ICELL8 cx Single-Cell System 3’基因差异表达应用流程进行适应性优化，以构建用于MinION测序设备（Oxford Nanopare）使用的单细胞RNA-seq文库。点击链接了解建库方案详细内容。 |
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| 小鼠成体心肌细胞制备方法（用于ICELL8 Single-Cell System、ICELL8 cx Single-Cell System） |
| USER-GENERATED PROTOCOL |
| ICELL8 Single-Cell System凭借其开放性设计可以帮助研究人员进行定制化实验方案的开发工作。Takara Bio R&D团队的科学家拜访了马克斯普朗克心肺研究所（巴特瑙海姆，德国），向Stefan Günther博士（Thomas Braun实验室）学习了小鼠成体心肌细胞样品制备方法。该方法由Thomas Braun实验室开发，用于在ICELL8 Single-Cell System上进行小鼠心肌细胞单细胞分选。在此感谢该团队的工作，并愿意将相关工作流程与大家分享。 如您需要在ICELL8 cx Single-Cell System上运行此方案，请先与我们的技术支持联系。 点击链接了解心肌细胞样品制备和单细胞分选详细流程。 |
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| 文献案例： Yekelchyk, M., Guenther, S., Preussner, J. & Braun, T. Mono- and multi-nucleated ventricular cardiomyocytes constitute a transcriptionally homogenous cell population. Basic Res. Cardiol. 114, 36 (2019) |
| 哺乳动物细胞核提取方案 |
| USER-GENERATED PROTOCOL |
| 本方案用于从哺乳动物细胞中提取细胞核，满足单细胞核测序需求。经过本方案验证过的悬浮生长细胞系类型包括：K562、Jurkat、GM12878；贴壁生长细胞系类型包括：ES、NIH 3T3、HEK293T。 点击链接了解详细提取过程及案例数据。 |
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| ICELL8 Single-Cell System分选细胞类型一览 |
| 因细胞行使的功能不同，其尺寸也各异。对于单细胞NGS来说，能够灵活分选各种尺寸的细胞十分关键。ICELL8 Single-Cell System / ICELL8 cx Single-Cell System配置大孔径喷嘴（125 μm），可以完成更多类型的细胞分选，如细胞核、心肌细胞。表格中所列举的信息显示了部分利用ICELL8 Single-Cell System成功完成单细胞分选的细胞类型。蓝色标记出的细胞类型是由ICELL8 Single-Cell System首次完成了单细胞分选工作，用于单细胞NGS研究。 |
| Flexibility to isolate cells of any size is critical to single-cell analysis |
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页面更新：2021-03-26 14:34:07
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