| ■ 技术资料 |
| 随着单细胞NGS技术的发展，对单细胞进行高通量平行处理愈发重要。ICELL8 Single-Cell System和ICELL8 cx Single-Cell System可以自动化进行单细胞分选、处理，能够简化单细胞测序文库制备流程，并支持应用扩展。通过ICELL8技术，ICELL8 Single-Cell System和ICELL8 cx Single-Cell System能够对微孔芯片中细胞荧光信号图像数据进行分析，并可以灵活地完成多次分注操作。此外，SMART-Seq技术已成功适用在ICELL8系统上，可以快速可靠且高通量地为各种下游NGS应用提供cDNA合成。在ICELL8系统上能够获得与手动建库相当的结果，而可重复性与可扩展性均有提高。ICELL8系统拥有经过验证的多种应用，同时作为开放性平台，可以支持用户开发更多定制化应用流程。 |
| · ICELL8 cx系统SMART-Seq Pro kit——全长转录组研究强化生物标志物发掘 |
| 剪接变异（splice variants）或异构体（isoforms）在理解人类健康与疾病方面发挥着重要作用。研究指出，人类基因组中几乎所有的编码蛋白质基因都具有选择性剪接，为蛋白质多样性提供了重要的来源（Pan et al. 2008; Wang et al. 2008）。许多癌症相关基因受选择性剪接的调控，肿瘤特异性的剪接变异作为生物标志物有明确的诊断价值，在一些新疗法中可能成为潜在的药物靶点(Zhang et al. 2021)。 将基因型与表型进行比对联系是当前生物医学领域的重要挑战之一，通过单细胞RNA测序进行转录组分析可以应对该问题(Hwang et al. 2018)。全长转录组测序能够对罕见的生物学事件进行挖掘，如基因融合、SNPs、选择性剪接等信息。这些罕见的生物学事件是许多医学研究新进展中不可缺少的内容。 阅读本篇技术资料，带您了解ICELL8 cx系统SMART-Seq Pro全长单细胞转录组应用如何通过扎实的性能助力生物标志物发掘工作。 |
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| · ICELL8 cx全长转录组工作流程结合靶向富集获得更好的融合基因检测能力 |
| 表达水平不足的生物学事件有时很难被鉴定发现，但往往这些事件又是广大研究人员最想发现的。在热度颇高的肿瘤研究领域，关于稀有融合基因、转录异构体的研究一直备受关注。有研究表明，这些低频事件是与癌症发生相关联的（Yu et al. 2019，Mertens et al. 2015）。ICELL8 cx Single-Cell System是基于微孔芯片技术的高通量单细胞分选系统，用于高通量的单细胞NGS研究。ICELL8 cx系统及其配备的单细胞全长转录组应用为广大科研工作者带来了应对低表达生物学事件研究的好方法。 阅读本篇技术资料可了解到，通过ICELL8 cx全长转录组应用与靶向富集相结合的方式，如何进一步提升低表达生物学事件检测能力。 |
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| · 利用单细胞全长RNA-seq提升融合基因、SNPs、可变剪切的检测能力 |
| 在临床领域和应用领域应用二代测序技术进行转录组分析，要求可以准确、平行地对大量单细胞进行处理，并且需要有文库构建表现稳定良好的试剂可用。一些满足以上需求的自动化平台已经出现，但不同平台所利用的技术不同，会影响到对单个细胞捕获和处理的效率，比如微流控、液滴包裹、多样本纳升分注。除细胞处理技术外，选择不同灵敏度的建库试剂会得到不同质量的数据，可以用于解答关于基因表达方面的不同的问题，比如，3’末端捕获与5’→3’全长转录本捕获的比较。捕获全长转录本可以提供更均匀的转录本覆盖情况，能够对融合基因、SNPs、可变剪切进行检测。而3’差异表达数据主要用于对基因表达调控的检测。 阅读本篇技术资料，带您了解利用ICELL8 cx Single-Cell System进行单细胞全长转录组文库构建，对基因融合、SNPs、可变剪切进行深入分析。更有与基于液体包裹平台的3’D方法的数据比较。 |
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| · 通过ICELL8系统轻松完成单细胞全长RNA测序 |
| 本篇技术资料中展示的数据表明，ICELL8系统可以同时对数百单细胞进行高质量的单细胞RNA-seq文库制备，能够提供全长转录本的序列信息。该方法可以让用户通过ICELL8系统在微孔芯片中完成Illumina NGS文库制作所需的所有反应，包括cDNA合成、PCR扩增等。从微孔芯片可获得直接用于测序的文库。此外，该方法结合了SMART技术，以确保可以制备高质量的cDNA，帮助各种单细胞分析获得良好的灵敏度和可重复性。 阅读本篇技术资料，了解自动化单细胞全长转录组文库制备流程和数据展示。 |
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| · 在ICELL8 Single-Cell System上进行单细胞转座可及性染色质分析测序（ATAC-seq） |
| 表观基因组信息虽然可以为基因调控提供深入的见解，但由于单个细胞之间（甚至是相同细胞类型）可能具有不同的表观基因组图谱，也让表观基因组信息变得复杂。近年来在单细胞NGS方法上已经取得了巨大的进步，但通过单细胞方法检测染色质状态一直以来都比较复杂、通量较低，可能也会有成本过高的问题伴随。转座酶可及性染色质分析测序（ATAC-seq）广泛应用于对染色质可及性的检测，染色质可及性是基因组调控的重要组成部分。最近，Greenleaf实验室（Standford University）与Takara Bio USA, Inc.（TBUSA）一起，开发了一个简单、快速的ATAC-seq工作流程，利用具备灵活操作性的ICELL8 Single-Cell System可以制备直接用于测序的单细胞文库。 阅读本篇技术资料，了解使用ICELL8 Single-Cell System如何在4-5小时内从一张芯片上获得1,000-2,000个单细胞文库。 |
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| · 通过单细胞分析阐明人诱导多能干细胞（hiPSC）来源的心肌细胞分化过程 |
| 近期的一些研究表明，在处于相同形态的细胞中，细胞周期和基因表达情况具有很高的变异性。这表明即使是“同质性”细胞，比如那些在同一组织或培养容器中的细胞，也会表现出转录组异质性。iPSCs是一个与此相关的例子，当组织特异性分化启动时，细胞不会统一转化。相反，不同细胞表现出不同的分化速率。通过单细胞分析，有可能捕捉到在批量细胞分析中被掩盖的基因表达变化信息，可以对分化过程有一个更加清晰的展示。 阅读本篇技术资料，看一看来自京都大学iPSC研究所（iPS Cell Research Institute，Kyoto University）的研究人员如何利用ICELL8 Single-Cell System开发一种对hiPSC向心肌细胞分化进行转录组表征的方法。 |
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| · TCR分析与5’差异表达分析相结合的高通量单细胞测序 |
| 在单细胞水平下分析T细胞受体（TCR）表达情况，可以帮助研究人员理解这些特殊的α-β链配对如何促进单个TCR的抗原特异性。高通量单细胞TCR分析是一个很好的选择，它可以从T细胞异质性和可塑性方面提供综合性观点。但是，免疫细胞属于复杂且有异质性的群体，对所分析群体中的细胞类型进行细致研究，获得对免疫反应的全面理解同样是相当重要的。为此，全转录组分析（WTA）可用于对一种样品中不同的细胞类型，甚至亚型进行鉴定。 阅读本篇技术资料，了解如何通过ICELL8 Single-Cell System和ICELL8 cx Single-Cell System对单细胞同时进行TCR克隆型测定与5’差异表达分析。 |
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| · 通过SMART技术进行高通量单细胞T细胞受体分析 |
| 对组织样品的T细胞受体（TCR）分析让我们提高了对TCR免疫组库多样性、TCR介导的抗原特异性，以及适应性免疫应答机制的理解。虽然这些研究可以表明哪些克隆型得到表达，以及它们在组织样品中的相对频率，但除了一些非常稀有的细胞群体外，很难确定细胞特异性受体正确的α-β链配对信息。而α-β链配对信息可以帮助研究者深入了解T细胞的异质性和可塑性，确认配对情况对单个TCR抗原特异性的作用，并涉及治疗性抗体。 通过本篇介绍，了解如何通过ICELL8 Single-Cell System和ICELL8 cx Single-Cell System实现基于SMART技术的单细胞TCR分析。 |
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页面更新：2021-12-02 15:24:32
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