· 灵敏性更高:基于RACE技术保证低丰度TCR变体的检出
· 特异性更强:获得全长reads,目的reads占比高,更正确的配对信息
· 5’端捕获测序差异表达分析:通过比对5’末端信息,产生所有转录本差异表达数据
· 灵活、高通量的单细胞分析:单次实验同时分析8个样品,生成上千单细胞的测序数据
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■ 应用领域 |
· 人单细胞TCR库分析(TCRα和TCRβ克隆型)
· 5’端差异表达分析
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■ 产品说明 |
Takara Bio高通量TCR免疫组库解决方案应用SMART技术(Switching Mechanism at 5’End of RNA Template)和基于5’RACE的方法,用于捕获由ICELL8 Single-Cell Sytem分选得到的上千“活的单细胞”的TCR转录本完整V(D)J可变区域。产生的文库可同时提供α链和β链的多样性信息。
实验流程中,cDNA扩增阶段整合了Illumina特异的接头序列,产生的文库带有index接头,可直接用于Illumina平台测序。Takara Bio高通量TCR免疫组库解决方案也可以同时支持5’末端差异表达分析。
在ICELL8单细胞分选系统中,与单个T细胞一起被分注到TCR芯片(Code No. 640178)上的还有阳性对照和阴性对照。每个TCR芯片含有5,184个纳升级微孔,预制了1,728种Barcode,每个Barcode在芯片上被预制3次。使用CellSelect软件鉴定出具有“活的单细胞”微孔后,SMART RT-PCR试剂将被分注到含“活单细胞”的微孔中,用于后续分析。连接了Barcode序列的cDNA继续在微孔芯片上完成PCR扩增。接下来,从芯片中将连接好Barcode序列的扩增产物集中收集,并进行纯化。纯化后的cDNA作为第一轮TCR特异性PCR的模板,而第一轮TCR特异性PCR的产物作为第二轮TCR特异性PCR的模板,并整合Illumina index序列引物。 |
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■ 产品组分 |
完整的工作流程需要下列Takara Bio产品。请参考User Manual得到一份完整的试剂耗材清单: |
用于ICELL8 Single-Cell System |
· ICELL8 TCR Chip (Code No. 640178)
· ICELL8 Human TCR a/b Profiling Reagent Kit (Code No. 640182)
· ICELL8 Human TCR a/b Profiling Indexing Primer Set (Code No. 640179, 640180, 640181)*
· ICELL8 Collection Kit (Code No. 640048)
· ICELL8 Loading Kit (Code No. 640109)
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User Manual:ICELL8® Human TCR a/b Profiling User Manual |
*NOTE:Code No. 640179包含的Primer量足够1张芯片使用,若实验中需要使用多张芯片,请购买合适的indexing primer set。640180适用于5张芯片的实验,640181适用于10张芯片的实验。 |
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图1 ICELL8 Human TCR a/b Profiling技术原理流程图 |
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图2 ICELL8 Human TCR a/b Profiling实验流程图 |
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■ 参考文献 |
Litjens, Nicolle H. R., et al. Validation of a combined transcriptome and T cell receptor Alpha/Beta (TRA/TRB) repertoire assay at the single cell level for paucicellular samples. Front. Immunol., 11, (2020) |
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