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产品选择指南

技术服务信息

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ThruPLEX Plasma-seq Kit
品牌 Code No. 产品名称 包装量 价格(元) 说明书 数量
Clontech R400490 ThruPLEX® Plasma-seq 12S Kit 12 Rxns ¥6,297
Clontech R400491 ThruPLEX® Plasma-seq 48S Kit 48 Rxns ¥21,798
Clontech R400492 ThruPLEX® Plasma-seq 96D Kit 96 Rxns ¥39,157
无标题文档
 
 
高品质血浆来源cell free DNA NGS文库构建试剂
ThruPLEX® Plasma-seq Kit
· 专为cfDNA设计:经过优化的修复及连接试剂
· 高品质NGS文库:在宽广的GC含量范围内,可以达到高检测再现性
· 起始量范围广:<1 ng到30 ng cfDNA量
· 快速简便:无需纯化或样品转移的单管、2小时、3步操作步骤
· 应用领域:液态活检、ctDNA、目标区域测序等领域文库构建
· 兼容自动化平台:Beckman® FXP Workstation
 
■ 产品说明:
ThruPLEX® Plasma-seq基于ThruPLEX技术,并用于血浆来源cfDNA高品质NGS文库构建。
该试剂专门针对cfDNA进行优化,在保持样本GC代表性的基础上,提升了文库的信息容量。文库构建后可用于CNV分析、全基因组测序分析或是采用一些panel针对目标区域进行捕获富集后的DNA分析,如Agilent SureSelect® and Roche NimbleGen SeqCap® EZ。
血浆样品采用ThruPLEX Plasma-seq试剂盒制备文库,能有更好的灵敏度、更准确的基因变异分析结果。与其它液态活检的样品一样,血浆由于其易获得、价值高的特点,深受研究肿瘤学或者孕妇血浆中胎儿游离DNA科研工作者的重视。
 
图1. ThruPLEX® 技术概要。ThruPLEX Plasma-seq Kit技术3步反应即可完成针对cell free DNA的建库工作。1~30 ng含量的cf DNA首先高效的进行末端修复。通过采用茎环形接头(无单链尾巴)进行高效平端连接,降低了背景。封闭的5’端阻止了接头-接头二聚体形成。随后未使用的接头被降解,进一步降低背景。高保真度扩增的方式完成以上反应,并获得含有illumina index的文库。
(*图片来源于Takara Bio USA,Inc.)
 
图2. 高cfDNA文库多样性、更少的Unmapped Reads。ThruPLEX Plasma-seq Kit构建的文库,具有高的多样性和低的duplicates和unmapped reads。图中表示cfDNA分别提取于3份血浆样品,文库定量采用Qubit荧光定量。Bioanalyzer测定mononucleosomal DNA在各样品的量分别为0.09 ng、0.62 ng、15.44 ng。Pooled libraries采用illumina NextSeq 500 paired end模式测序,且每个文库产生17 M到25 M reads。每个文库在down-sampling数据至17 M reads以后,计算Duplication rates。
(*图片来源于Takara Bio USA,Inc.)
 
图3. 优异的靶向测序文库构建能力。图中所示ThruPLEX Plasma-seq Kit构建的文库通过panel进行高效捕获,对kinome进行深度测序分析以检测突变。3个血浆样品分别起始建库量为5 ng、6.5 ng、10 ng,三次重复。目标区域采用SureSelectXT2的ClearSeq Human DNA Kinome Panel进行捕获,并用Illumina Miseq平台进行测序,平均每个文库获得5 M reads,目标碱基被成功捕获分析。
(*图片来源于Takara Bio USA,Inc.)
 
图4. 高重复性的、无偏倚的GC覆盖度。针对人类基因组,ThruPLEX Plasma-seq Kit表现出高再现性、低偏倚GC覆盖度NGS文库构建能力。9次独立的血浆样品文库构建的实验结果表明,ThruPLEX重复性高于其它产品。文库的制备是利用的1 mL血浆来源cfDNA,后续采用illumina NextSeq 500进行测序。作为对比,A公司试剂构建了4份独立血浆样品的文库。
(*图片来源于Takara Bio USA,Inc.)
 
图5. Karolinska协会和CRUK测试的结果。5 ng游离cf DNA采用ThruPLEX Plasma seq Kit进行illumina文库构建。结果表明利用Hiseq平台进行的Low-pass WGS,每个文库能获得接近12.5 M reads。
(*以上数据来源于Karolinska 协会,瑞典)
 
■ 产品组成
· Template Preparation Buffer(Red)
· Template Preparation Enzyme(Red)
· Library Synthesis Buffer(Yellow)
· Library Synthesis Enzyme(Yellow)
· Library Amplification Buffer(Green)
· Library Amplification Enzyme(Green)
· Nuclease-Free Water(Clear)
· Indexing Reagents(Blue)
· Quick Protocol(N/A)
 
■ 保存
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