| 小鼠TCR分析SMART-Seq Mouse TCR (with UMIs) | ||||||
| 品牌 | Code No. | 产品名称 | 包装量 | 价格（元） | 说明书 | 数量 |
| Clontech | 634815 | SMART-Seq® Mouse TCR (with UMIs) | 24 Rxns | ￥19,351 |
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| Clontech | 634816 | SMART-Seq® Mouse TCR (with UMIs) | 96 Rxns | ￥63,718 |
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| Clontech | 634814 | SMART-Seq® Mouse TCR (with UMIs) | 4x96 Rxns | ￥239,105 |
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| SMART-Seq Mouse TCR (with UMIs) |
| · 适合不同起始量的样本：支持1 ng-1 μg小鼠脾脏或T细胞来源的total RNA，或者10 ng -1 μg 小鼠全血、骨髓或者胸腺来源的total RNA，或者纯化后完整的小鼠T细胞（100-10,000个）起始 · 无需多对引物：每次反应仅需一对引物扩增相应的TCR亚基 · 添加UMI校正偏差：引入UMI建库，校正PCR偏差及测序错误产生的reads · 更可靠的样本-数据拆析结果：搭配使用UDI index建库，在高通量型Illumina测序仪上有更好的样本拆析与测序可靠性 · 更灵活的测序选择：可自由选择分析V(D)J 全长信息，或是分析CDR3区 |
| ■ 产品说明 |
| SMART-Seq Mouse TCR (with UMIs)是一款具有高灵敏度和低偏差的小鼠TCR NGS文库构建试剂盒。该试剂盒整合SMART（Switching Mechanism at 5' end of RNA Template）全长cDNA合成技术与5’RACE技术，可捕获TRA和TRB基因完整的V(D)J可变区，用于后续NGS分析。 |
| 该试剂盒支持使用不同input量的RNA（RIN＞7）或细胞起始，均可获得高品质的测序文库，如小鼠脾脏或T细胞来源 total RNA(1 ng-1 μg)，以及全血、骨髓、胸腺来源total RNA(10 ng -1 μg)，或纯化后完整的T细胞(100-10,000个)。 |
| 文库中可同时包含α链和β链的多样性信息。 |
| 同时，该试剂盒包含UMI（Unique Molecular Identifier），用以去除PCR偏差及测序错误所产生的reads，提供更正确和可靠的结果。 |
| 搭配使用UDI（Unique Dual Indexs），最多可支持384个样本同时测序。 |
| ■ 建库原理 |
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| ■ 不同起始量和不同样本类型的克隆型检测数据 |
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| 图1 评估试剂盒在不同样本起始量和样本类型中的性能表现 |
| Panel A 分别对10，100，250，500和1,000 ng小鼠脾脏来源 RNA使用SMART-Seq Mouse TCR (with UMIs)制备了TRA (蓝色) 和TRB (紫色) 文库，然后在Illumina NextSeq测序（PE 150），测序reads downsampled至1.5×107。结果显示，随着起始量的增加，检测到的克隆型数量也随之增加。 Panel B 分别对四种不同样品类型的小鼠RNA（200 ng RNA）使用SMART-Seq Mouse TCR制备文库。然后在Illumina NextSeq测序（PE 150），测序reads downsampled至2.5×107。测序结果表明，TCR序列在这些样品类型中都被灵敏地检测到，这表明该试剂盒非常适合用于小鼠TCR的分析。 |
| ■ 再现性和准确度测试数据 |
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| 图2 使用UMIs校正PCR重复和测序错误 |
| Panel A. 对10 ng小鼠脾脏来源 RNA使用SMART-Seq Mouse TCR (with UMIs)制备TRA和TRB文库。其中蓝线和紫线分别是指经过UMI修正误差和和没有经过UMI修正误差的数据。 Panel B. 为了评估SMART-Seq Mouse TCR (with UMIs)的再现性，使用该试剂盒分别对10 ng和100 ng小鼠脾RNA起始样本构建TCR文库。然后在Illumina MiSeq测序。维恩图显示分别使用300 cycles和600 cycles测序时，两者之间至少有87%的克隆型重叠，表明该试剂盒卓越的再现性。 |
| ■ 更灵活的测序选择 |
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| 图3 评估试剂盒的测序灵活性 |
| 为了评估该试剂盒是否支持全长V (D) J或CDR3序列，使用该试剂盒分别对10 ng和100 ng小鼠脾脏RNA起始样本构建TCR文库。然后在Illumina MiSeq测序平台使用300 cycles和600 cycles进行测序。测序read downsampled 至1×106。使用Takara Bio Cogent NGS Immune Profiler软件处理数据。 |
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页面更新：2024-03-12 09:09:46
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