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SMART-SeqR Human TCR (with UMIs)
品牌 Code No. 产品名称 包装量 价格(元) 说明书 数量
Clontech 634780 SMART-SeqR Human TCR (with UMIs) 24 Rxns ¥18,607
Clontech 634781 SMART-SeqR Human TCR (with UMIs) 96 Rxns ¥61,267
Clontech 634779 SMART-SeqR Human TCR (with UMIs) 4 x 96 Rxns ¥229,909
无标题文档
SMART-Seq Human TCR (with UMIs)
· 适合不同起始量的样本—支持total RNA(10 ng-1 μg外周血淋巴细胞来源,或者20 ng -200 ng 全血来源,或者1 ng-100 ng T细胞来源的total RNA),或者纯化后完整的T细胞(1,000-10,000个)起始
· 无需多对引物—每次反应仅需一对引物扩增相应的TCR亚基
· 添加UMI校正偏差—引入UMI建库,校正PCR偏差及测序错误产生的reads
· 更灵敏特异的克隆型分析—优化的cDNA文库构建技术,确保克隆型的可靠分析
· 更可靠的样本-数据拆析结果—搭配使用UDI index建库,在高通量型Illumina测序仪上有更好的样本拆析与测序可靠性
· 更灵活的测序平台选择—可自由选择Miseq平台(分析V(D)J 全长信息),或是其它Illumina平台(分析CDR3区),支持最多192个样本同时测序
· 完整的流程—搭配特别开发的Cogent NGS Immune Profiler Software*完成测序数据分析
* 科研及盈利机构在用TCRv2建库、测序后,均可免费使用Cogent NGS Immune Profiler Software分析测序数据
 
■ 产品说明
SMART-Seq Human TCR (with UMIs)是一款具有更高重复性和特异性的TCR NGS文库构建试剂盒。该试剂盒整合SMART(Switching Mechanism at 5' end of RNA Template)全长cDNA合成技术与5’RACE技术,可捕获TRA和TRB基因完整的V(D)J可变区,用于后续NGS分析。
该试剂盒支持使用不同input量的RNA(RIN≥8,取决于样本类型)或细胞起始,均可获得高品质的测序文库,如外周血淋巴细胞total RNA(10 ng-1 μg)、全血total RNA(20 ng -200 ng)以及T细胞total RNA(1 ng-100 ng),或纯化后完整的T细胞(1,000-10,000个)。文库中可同时包含α链和β链的多样性信息。 同时,该试剂盒包含UMI(Unique Molecular Identifier),用以去除PCR偏差及测序错误所产生的reads,提供更正确和可靠的结果。
搭配使用UDI(Unique Dual Indexs),能更正确拆析采用图案化流动槽技术(Patterned flow cell)测序平台(如NovaSeq? system)的下机数据,最多可支持384个样本同时测序。
特别开发的Cogent NGS Immune Profiler Software (Cogent IP),能直接对Illumina测序仪的下机数据进行高品质的TCR profiling分析,包括克隆型的鉴定与计数、V(D)J区域的序列分析。
 
■ 建库原理
 
■ 不同起始量克隆型检测数据
图1 不同的RNA或者T细胞起始量,均能获得高灵敏度和重复性的克隆型检测数据
 
Takara科学家以1、10、100 ng 人CD3+ T细胞total RNA和1,000、10,000个CD3+T细胞制备TRA和TRB文库,测序reads用Cogent NGS Immune Profiler软件分析。结果显示,无论采用RNA还是以复杂度较高的T细胞直接起始,该试剂盒所建文库均能获得良好的克隆型检测数据。
 
■ 灵敏度测试数据
图2 Takara科学家向100 ng PBMC RNA样本中掺入不同浓度(10%,1%,0.1%,0.01%,0.001%和0.0001%)的Jurkat T细胞RNA(包含TRBV12-3-TRBJ1-2克隆型)。采用该试剂盒扩增TRB CDR3区域并制备文库、NextSeq系统测序。测序reads downsample至 2.5M reads。灰色标记的是所混入的Jurkat RNA检出下限,结果显示,在未通过UMI数据校正时,TRBV12-3的检测极限为0.01%,但是在UMI数据校正的情况下,检测极限下探至0.001%!
 
■ 同类产品比较实验
图3 为了比较不同TCR分析方法(DNA based VS RNA based)的性能差异,Takara科学家分别以SMART-Seq Human TCR (with UMIs)(RNA based, 5’RACE)、Company Q(RNA based,接头连接法)、Company A (DNA based, 多重PCR)作为文库构建方案。接着分离了500万个PBMC细胞作为gDNA和RNA的提取材料,并以1.6 μg gDNA和100 ng RNA制备文库,分析TCR a/b文库的克隆型数量。从结果中可以看出,SMART-Seq Human TCR (with UMIs)文库获得TRA和TRB基因平均4.87万和16.3万个克隆型检测数据,远高于Company Q RNA方法及Company A DNA方法所获得克隆型数量!(*NT:Not Tested)
 
数据来源于Takara Bio USA, Inc.
 
产品详情请点击:
 
 

页面更新:2023-01-05 09:43:40