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SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit v2
品牌 Code No. 产品名称 包装量 价格(元) 说明书 数量
Clontech 634478 SMARTer® Human TCR a/b Profiling Kit v2 12 Rxns ¥23,613
Clontech 634479 SMARTer® Human TCR a/b Profiling Kit v2 48 Rxns ¥51,657
无标题文档
 
· 适合不同起始量样本:支持total RNA(10 ng-1 μg外周血淋巴细胞来源或 1 ng-100 ng T细胞来源 total RNA),或者纯化后完整的T细胞(1,000-10,000个)起始;
· 无需多对引物:每次反应仅需一对引物扩增相应的TCR亚基;
· 更灵敏特异的克隆型分析:优化的cDNA文库构建技术,确保克隆型的可靠分析;
· 添加UMI校正:引入UMI建库,校正PCR偏差及测序错误产生的reads;
· 更可靠的样本-数据拆析结果:整合UDI建库,在高通量型Illumina测序仪上有更好的样本拆析与测序可靠性;
· 更灵活的测序平台选择可自由选择Miseq平台(分析V(D)J 全长信息),或是其它Illumina平台(分析CDR3区),支持最多192个样本同时测序;
· 完整的流程:搭配特别开发的Cogent NGS Immune Profiler Software*完成测序数据分析;
*科研及盈利机构在用TCRv2建库、测序后,均可免费使用Cogent NGS Immune Profiler Software分析测序数据
 
■ 产品说明
T细胞是获得性免疫反应的重要组成部分,其表面受体蛋白(T cell receptors, TCRs)发挥着识别抗原分子的作用。NGS是解析TCR多样性的主流技术,对揭示个体获得性免疫反应的奥秘提供了宝贵的技术支撑。
SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit v2 (TCRv2)是一款具有更高重复性和特异性的TCR NGS文库构建试剂盒。该试剂盒整合SMART(Switching Mechanism at 5' end of RNA Template)全长cDNA合成技术与5’RACE技术,可捕获TRATRB基因完整的V(D)J可变区,用于后续NGS分析。
TCRv2试剂盒支持不同input量的RNA(RIN≥8,取决于样本类型)或细胞起始,均可获得高品质的测序文库,如外周血淋巴细胞total RNA(10 ng-1 μg)、T细胞total RNA(1 ng-100 ng),或纯化后完整的T细胞(1,000-10,000)。文库中可同时包含α链和β链的多样性信息。
同时,TCRv2试剂盒包含UMI(Unique Molecular Identifier),用以去除PCR偏差及测序错误所产生的reads,提供更正确和可靠的结果。
相较于前代产品,TCRv2所建文库支持更多样的测序平台。既支持Miseq平台(分析V(D)J全长信息),也支持其它Illumina平台(分析CDR3区)。 此外,TCRv2试剂盒还整合了UDI(Unique Dual Index),能更正确拆析采用图案化流动槽技术(Patterned flow cell)测序平台(如NovaSeq system)的下机数据,同时也支持更多样本同时测序。
特别开发的Cogent NGS Immune Profiler Software,能直接对Illumina测序仪的下机数据进行高品质的TCR profiling分析,包括克隆型的鉴定与计数、V(D)J区域的序列分析。
 
■ 建库原理
 
 
■ 不同起始量克隆型检测数据
图1 不同的RNA或者T细胞起始量,均能获得高灵敏性和重复性的克隆型检测数据
 
Takara科学家以1、10、100 ng 人CD3+ T细胞total RNA和1,000、10,000个CD3+T细胞制备TRATRB文库,测序reads用Cogent NGS Immune Profiler软件分析。结果显示,无论采用RNA还是以复杂度较高的T细胞直接起始,TCRv2试剂盒所建文库均能获得良好的克隆型检测数据。
 
■ 灵敏度测试数据
图2 Takara科学家向100 ng PBMC RNA样本中掺入不同浓度(10%,1%,0.1%,0.01%,0.001%和0.0001%)的Jurkat T细胞RNA(包含TRBV12-3-TRBJ1-2克隆型)。采用TCRv2试剂盒扩增TRB CDR3区域并制备文库、NextSeq系统测序。测序reads downsample至 2.5M reads。灰色标记的是所混入的Jurkat RNA检出下限,结果显示,在未通过UMI数据校正时,TRBV12-3的检测极限为0.01%,但是在UMI数据校正的情况下,检测极限下探至0.001%!
 
■ 同类产品比较实验
图3 为了比较不同TCR分析方法(DNA based VS RNA based)的性能差异,Takara科学家分别以TCRv2(RNA based, 5’RACE)、Company X(RNA based,接头连接法)、Company Y(DNA based, 多重PCR)作为文库构建方案。接着分离了500万个PBMC细胞作为gDNA和RNA的提取材料,并以1.6 μg gDNA和100 ng RNA制备文库,分析TCR a/b文库的克隆型数量。从结果中可以看出,TCRv2文库获得TRATRB基因平均4.87万和16.3万个克隆型检测数据,远高于Company X RNA方法及Company Y DNA方法所获得克隆型数量!
*NT Not Tested
数据来源于Takara Bio USA, Inc.
 
SMART Human TCR-Seq v2:
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