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ThruPLEX® Tag-Seq HV
品牌 Code No. 产品名称 包装量 价格(元) 说明书 数量
Clontech R400742 ThruPLEX® Tag-Seq HV 24 Rxns 询价
Clontech R400743 ThruPLEX® Tag-Seq HV 96 Rxns 询价
Clontech R400735 ThruPLEX® Tag-Seq HV Core Components 96 Rxns 询价
Clontech R400734 ThruPLEX® Tag-Seq HV Core Components 24 Rxns 询价
Clontech R400739 ThruPLEX® HV UDI 1-24 24 Rxns 询价
Clontech R400738 ThruPLEX® HV UDI Set A 96 Rxns 询价
 
高起始量带分子标签的DNA-Seq分析
ThruPLEX® Tag-Seq HV
· 更可靠的DNA-Seq分析:文库中整合了离散且均衡的分子标签(UMIs),提供更可靠的数据表现!
· 兼容更高起始量的多种样本:5至200 ng FFPE DNA、cfDNA起始,30 μl建库体积,无需浓缩样本!
· 删繁就简:单管三步操作流程,2 h内完成illumina文库构建!
· 一致高效:无畏起始量差异,高实验重复性、更均一的文库覆盖度,高GC含量区域偏差更小!
· 更适合于稀有突变分析,减少扩增误差及测序错误!
 
■ 产品说明
目前,将NGS用于正确检测低频突变的关注度逐渐上升。各领域科研人员正在突破稀有突变检测灵敏度与特异性的瓶颈,而这些问题主要是由样品准备、扩增偏差及测序错误所引起的。而向illumina文库添加特有的分子标签(Unique Molecular Identifiers, UMIs)与特有的双端index(Unique Dual Indexes, UDIs),能有效改善稀有突变检测的准确性。出于文库制备与测序质量直接相关的考虑,我们特别优化推出了接头上带UMIs及整合UDIs的全新产品——ThruPLEX Tag-Seq HV试剂盒。该产品保留了单管流程、操作简便的特点,支持5至200 ng input DNA起始用于稀有变异分析!
 
正确的样本数据回溯、更小的手动操作误差,科研人员再不用担心珍贵样本损失了!
 
■ 来自UMIs的“助攻”
ThruPLEX Tag-Seq HV在茎环形接头上引入了离散的UMIs,文库中每个DNA分子有144种可能的标签组合,汉明间距超过6,具有高度的差异性。我们特别设计了UMI序列,以使序列颜色分布达到平衡,在illumina平台上能获得更好的测序数据。我们也谨慎调整了各UMI接头的浓度,以使144种序列组合在各种DNA起始量都能均匀展现,减少偏差。
由7位碱基所组成的UMIs位于reads的开始位置,能够”Tag”到DNA模板上,用于识别一致序列,减少扩增或者测序错误带来的假阳性突变。
这种特别优化的UMIs设计,确保了更简便的样本demultiplexing过程,分析更容易!
 
■ “抓住”游离DNA,“揪出”稀有突变
游离DNA(cfDNA)是由细胞凋亡后所释放,游离于体液中的DNA片段。对cfDNA的测序分析具有较大难度,特别是涉及肿瘤学研究中的稀有突变分析时。
Takara科学家采用ThruPLEX Tag-Seq HV对10 ng起始的Quan-Plex Patient-Like ctDNA标准品(AccuRef)构建文库,该ctDNA(循环肿瘤DNA)标准品带有一系列特征化的不同频率(0%,1%,5%)突变位点。文库构建完成后,肿瘤相关的基因采用IDT xGEN Pan Cancer Panel进行捕获富集。结果显示目标区域的捕获高效可靠,10 ng起始的DNA样本约有79%的reads来自或者接近目标区域。
 
上表数据显示,由坐标法或UMIs去除重复reads后的目标区域平均覆盖度是相似的,与Picard MarkedDuplicates所报道的PCR duplication结果一致。
随后,Takara科学家用UMIs鉴定了ctDNA标准品中特定位点的实际突变频率,结果显示,检测到的突变频率分别与预期1%、5%的等位突变频率接近,而阴性对照组没有在位点处检测到任何突变。
 
如果采用未去重的文件或仅用坐标法去重的文件,会检测出大量的超过0.5%等位基因频率的不一致突变。而UMIs引入、校正后,相应突变体的数量变少了,结果的正确性进一步提升,显示出UMIs在降低扩增及测序错误上的重要作用。
 
更具代表性的是,使用未去重或者仅用坐标法去重的文件分析,在预期的EGFR L858R突变附近观察到大量的低频及随机等位基因频率突变。而用UMI校正、过滤后的一致性序列reads,清除了假阳性突变,得到了预期的突变分析结果!
 
 
 
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