低起始量链特异性RNA-Seq分析
SMART-Seq® Total RNA Pico Input (ZapR™ Mammalian) |
· 高灵敏度：可以250 pg-10 ng的人、小鼠或大鼠总RNA起始
· 兼容性广：可以不同品质RNA(包括FFPE、LCM样品以及cfRNA等)制备文库，获得高再现性的数据
· 性能提升：无需大量添加 PhiX 的情况下也能实现较高比率的clusters passing filter（%PF），识别更多转录本，重复更少
· 链特异性：保留转录本链来源信息，识别准确度高
· 操作简便：整体流程只需6 h，改良buffer配方，缩短文库纯化时间
· Illumina文库：搭配Uinque Dual Index使用，最多可制备384种Illumina文库 |
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| 注：SMART-Seq Total RNA Pico Input (ZapR Mammalian)是SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2 - Pico Input Mammalian的替代品，性能提升，如下所示： |
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i：提升ZapR技术去除rRNA cDNA 效率，以更好地剔除不需要的reads信息
ii：试剂盒中不包含index，但可以与Unique Dual Index (UDI) kits（24 Rxns，96 Rxns）灵活地搭配使用 |
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| ■ 产品说明 |
SMART-Seq Total RNA Pico Input (ZapR Mammalian) 设计用于从皮克级总RNA(250 pg-10 ng)中高效制备测序文库。本试剂盒采用SMART技术(Switching Mechanism at the 5' end of RNA Template) ，适用于高品质、部分降解及低品质RNA（如来自于FFPE或LCM样品）。本试剂盒是一体化操作流程，保留了链来源信息，并且不需要下游文库制备，在反转录和PCR扩增过程中就可以添加indexes和接头。包括文库构建及纯化的全部操作流程只需6 h。
核糖体RNA在总RNA中占有很高的比重（约90%）。在制备文库前从总RNA中去除核糖体来源的RNA，有利于降低测序成本，提高统计数据的mapping率。但是在以微量样品起始时，去除rRNA的前处理操作，会造成纯化后的样品太少而不能制备高品质测序文库。本试剂盒采用特异针对哺乳动物rRNA和部分线粒体RNA的探针去除核糖体cDNA（来源于核糖体RNA的cDNA片段）。
采用本试剂盒所构建的文库，在无需大量添加 PhiX 的情况下也能实现较高比率的clusters passing filter（%PF），即使在基于双通道SBS技术的Illumina平台（如 NextSeq® 和 MiniSeq™）以及 HiSeq® 3000/4000上也是如此。每个run可以获得更多的生物学相关测序reads，反过来减少了测序成本。同时，可以获得更多的特异转录本，更低的rRNA、mtRNA比对率和重复率。 |
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不同样品起始量解决方案
·10-100 ng总RNA，推荐使用SMART-Seq Total RNA Mid Input
·100 ng-1 μg总RNA，推荐使用SMART-Seq Total RNA High Input (RiboGone™ Mammalian)
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| ■ 流程概要 |
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| ■ 性能数据 |
实验方法
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选择250 pg和10 ng的人脑RNA样本起始，使用SMART-Seq Total RNA Pico Input制备文库。之后分别采用ZapR Mammalian rRNA Depletion Kit试剂盒中的模块处理（+）和未处理（-），并通过PCR扩增进行富集或者不进行处理。最后使用CogentAP 对2x106 PE reads进行数据分析。
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☆ 不同起始量RNA样本起始，均可有效去除核糖体RNA来源cDNA
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Panel A的柱状图和Panel B的表展示了用ZapR Mammalian rRNA Depletion Kit处理（+）和未处理（-）的文库的reads分布
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☆ 不同起始量RNA样本起始，均可获得可靠的结果
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Panel A的柱状图和Panel B的表格数据分别展示了用ZapR Mammalian rRNA Depletion Kit处理（+）和未处理（-）的文库基因检测数和转录本检测数
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☆ 不同起始量均可获得高重复再现性结果
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从上图可以看出，以250 pg和10 ng RNA起始制备的文库具有高度一致性。
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