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技术服务信息

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SMART-Seq® Total RNA Pico Input (ZapR Mammalian)
品牌 Code No. 产品名称 包装量 价格(元) 说明书 数量
Clontech 634357 SMART-Seq® Total RNA Pico Input (ZapR Mammalian) 24 Rxns ¥17,781
Clontech 634358 SMART-Seq® Total RNA Pico Input (ZapR Mammalian) 96 Rxns ¥48,794
Clontech 634359 SMART-Seq® Total RNA Pico Input (ZapR Mammalian) 4 × 96 Rxns ¥175,660
Clontech 634756 Unique Dual Index Kit (1–24) 24 Rxns ¥2,737
Clontech 634752 Unique Dual Index Kit (1–96) 96 Rxns ¥7,370
Clontech 634753 Unique Dual Index Kit (97–192) 96 Rxns ¥7,370
Clontech 634754 Unique Dual Index Kit (193–288) 96 Rxns ¥7,370
Clontech 634755 Unique Dual Index Kit (289–384) 96 Rxns ¥7,370
低起始量链特异性RNA-Seq分析
SMART-Seq® Total RNA Pico Input (ZapR Mammalian)
· 高灵敏度:可以250 pg-10 ng的人、小鼠或大鼠总RNA起始
· 兼容性广:可以不同品质RNA(包括FFPE、LCM样品以及cfRNA等)制备文库,获得高再现性的数据
· 性能提升:无需大量添加 PhiX 的情况下也能实现较高比率的clusters passing filter(%PF),识别更多转录本,重复更少
· 链特异性:保留转录本链来源信息,识别准确度高
· 操作简便:整体流程只需6 h,改良buffer配方,缩短文库纯化时间
· Illumina文库:搭配Uinque Dual Index使用,最多可制备384种Illumina文库
 
注:SMART-Seq Total RNA Pico Input (ZapR Mammalian)是SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2 - Pico Input Mammalian的替代品,性能提升,如下所示:
 
i:提升ZapR技术去除rRNA cDNA 效率,以更好地剔除不需要的reads信息
ii:试剂盒中不包含index,但可以与Unique Dual Index (UDI) kits(24 Rxns,96 Rxns)灵活地搭配使用
 
■ 产品说明
SMART-Seq Total RNA Pico Input (ZapR Mammalian) 设计用于从皮克级总RNA(250 pg-10 ng)中高效制备测序文库。本试剂盒采用SMART技术(Switching Mechanism at the 5' end of RNA Template) ,适用于高品质、部分降解及低品质RNA(如来自于FFPE或LCM样品)。本试剂盒是一体化操作流程,保留了链来源信息,并且不需要下游文库制备,在反转录和PCR扩增过程中就可以添加indexes和接头。包括文库构建及纯化的全部操作流程只需6 h。
核糖体RNA在总RNA中占有很高的比重(约90%)。在制备文库前从总RNA中去除核糖体来源的RNA,有利于降低测序成本,提高统计数据的mapping率。但是在以微量样品起始时,去除rRNA的前处理操作,会造成纯化后的样品太少而不能制备高品质测序文库。本试剂盒采用特异针对哺乳动物rRNA和部分线粒体RNA的探针去除核糖体cDNA(来源于核糖体RNA的cDNA片段)。
采用本试剂盒所构建的文库,在无需大量添加 PhiX 的情况下也能实现较高比率的clusters passing filter(%PF),即使在基于双通道SBS技术的Illumina平台(如 NextSeq® 和 MiniSeq)以及 HiSeq® 3000/4000上也是如此。每个run可以获得更多的生物学相关测序reads,反过来减少了测序成本。同时,可以获得更多的特异转录本,更低的rRNA、mtRNA比对率和重复率。
 
不同样品起始量解决方案
·10-100 ng总RNA,推荐使用SMART-Seq Total RNA Mid Input
·100 ng-1 μg总RNA,推荐使用SMART-Seq Total RNA High Input (RiboGone Mammalian)
 
■ 流程概要
 
■ 性能数据
实验方法
选择250 pg和10 ng的人脑RNA样本起始,使用SMART-Seq Total RNA Pico Input制备文库。之后分别采用ZapR Mammalian rRNA Depletion Kit试剂盒中的模块处理(+)和未处理(-),并通过PCR扩增进行富集或者不进行处理。最后使用CogentAP 对2x106 PE reads进行数据分析。
 
不同起始量RNA样本起始,均可有效去除核糖体RNA来源cDNA
Panel A的柱状图和Panel B的表展示了用ZapR Mammalian rRNA Depletion Kit处理(+)和未处理(-)的文库的reads分布
 
不同起始量RNA样本起始,均可获得可靠的结果
Panel A的柱状图和Panel B的表格数据分别展示了用ZapR Mammalian rRNA Depletion Kit处理(+)和未处理(-)的文库基因检测数和转录本检测数
 
不同起始量均可获得高重复再现性结果
从上图可以看出,以250 pg和10 ng RNA起始制备的文库具有高度一致性。
 
 
产品详情请点击:
 
 

页面更新:2024-07-05 15:43:26