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SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v3 - Pico Input Mammalian
品牌 Code No. 产品名称 包装量 价格(元) 说明书 数量
Clontech 634485 SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v3 - Pico Input Mammalian 24 Rxns ¥30,451
Clontech 634486 SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v3 - Pico Input Mammalian 48 Rxns ¥47,045
Clontech 634487 SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v3 - Pico Input Mammalian 96 Rxns ¥63,820
Clontech 634488 SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v3 - Pico Input Mammalian 192 Rxns ¥114,044
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带分子标签的微量样本的链特异RNA-Seq分析
SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v3 - Pico Input Mammalian
· 高灵敏度:可以人、大鼠或小鼠来源的250 pg-10 ng的总RNA或10-1000个细胞起始
· 添加UMI:校正来自PCR错误、重复序列以及序列错误的读取
· 用途广泛:能分析质量较差的FFPE、LCM以及cfRNA来源的样本
· 操作简便:仅需要7.5小时即可完成文库构建
· 无缝衔接Illumina测序:直接制备多达192种index的Illumina® -ready文库
 
SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v3 - Pico Input Mammalian(Pico v3)设计用于从皮克级总RNA(250 pg-10 ng)中高效制备Illumina测序文库。本试剂盒采用的技术适用于高品质、部分降解及低品质RNA(如来自于FFPE或LCM样品)。升级产品与原有SMARTer 皮克级产品相比,提升了在所有Illumina测序平台的测序性能,并且还添加特别的分子条形码(UMI),从而可以消除PCR错误或duplication以及测序偏向。
 
本试剂盒采用一体化操作流程,保留了链来源信息,在反转录和PCR扩增过程中就可以添加indexes和接头。整个流程,包括文库构建及纯化仅需约7.5小时。
该试剂盒包含SMARTer RNA Unique Dual Index Kit - 24U (Code No. 634451)。另外也可以与SMARTer RNA Unique Dual Index Kits (Code No. 634452 & 634457,可单独购买)搭配使用,最多可构建多达192种indexes文库。
 
图1. SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v3 - Pico Input Mammalian技术流程
 
图2. 使用SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v3 - Pico Input Mammalian制备文库的结构特征
 
接头序列包含:通过PCR 1反应添加的可以与Illumina流动池结合生成簇的P7、P5序列(P7以淡蓝色表示,P5以红色表示),用于区分单个lane上多个样本的Index序列(Index 1 [i7] 序列连接在P7端,Index 2 [i5]连接在P5端)。并且还包括识别测序引物区域的Read 2(紫色)和 Read 1(绿色)。通过Read 1起始得到的原始RNA的反义链序列,Read 2起始获得的是原始RNA的正义链序列。其中,通过Read 2起始时,前8个碱基是UMI(深紫色),UMI之后的3个碱基(XXX)是Pico v3 Adapter衍生的序列。
 
表 1. 不同样本起始量的分析结果。
 
以0.5、1、5和10 ng人肺FFPE组织提取的总RNA起始,采用SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v3 - Pico Input Mammalian制备RNA-Seq文库(均做两个重复),并使用NextSeq 500进行测序。
 
 
Technote:
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SMARTer Stranded RNA-Seq Pico v3:
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页面更新:2021-03-22 16:10:38