微量样本起始的长读长RNA-seq
SMART-Seq mRNA Long Rea |
· 卓越的灵敏度与性能，适用于微量样本设计：仅需 10 pg至100 ng总RNA或1-1,000个完整细胞起始
· 高质量的长读长测序数据：稳定获得约2 kb的平均读长（N50）并可可靠检测全长超过8 kb的转录本
· 无缝整合barcodes：支持单管完成长读长文库的制备，可同时处理多达96个样本的测序分析
· 简化的样本拆解流程：提供便捷高效的操作流程，并兼容ONT（Oxford Nanopore Technologies）碱基识别软件 |
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| ■ 产品说明 |
SMART-Seq mRNA Long Read支持利用长读长测序对微量样本进行全转录组分析。该流程采用dT引物起始，可以从10 pg–100 ng高完整性总RNA（RIN >8）中，或直接从1–1,000个完整细胞中生成全长cDNA。随后使用条形码（barcode）的引物进行cDNA扩增，可制备多达96个带barcodes的cDNA文库，用于后续的接头连接以及ONT平台的长读长测序文库制备。该策略实现了微量样本的ONT文库制备，稳定产生约2 kb的平均读长（N50），并能检测超过8 kb的全长转录本。
整个实验流程，从cDNA合成、barcodes标记、富集以及用于ONT文库制备的带barcodes的cDNA混合，可在一天半内完成。该工作流程兼容自动化与微量化操作。使用本试剂盒生成的测序数据，可通过Takara Bio提供的实验方案和文件，在ONT Dorado碱基识别系统中实现便捷的样本拆分。
SMART(Switching Mechanism at 5' End of RNA Template)技术，为捕获全长转录本信息提供了高效解决方案，支持对转录异构体、基因融合、点突变等的分析。此外，这种高灵敏度和重现性的方法，相较于其他方法，即使在低起始量样本中，也能识别出更多的基因数。本试剂盒能获得更高的再现性、更均一的gene body覆盖度，并能正确分析高GC含量转录本。
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| ■ 流程概要 |
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图1. SMART-Seq mRNA Long Read流程示意图
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| ■ 性能数据 |
准确检测具有正确链方向的全长异构体
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图2. 使用SMART-Seq mRNA Long Read合成cDNA，并进行文库制备、测序。采用ONT Guppy进行碱基识别和解复用，采用Minimap2进行读长比对。上图展示从10 pg小鼠脑total RNA中检测到Nbr1的异构体，并在IGV中可视化呈现。
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