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产品选择指南

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SMART-Seq Stranded Kit
品牌 Code No. 产品名称 包装量 价格(元) 说明书 数量
Clontech 634442 SMART-Seq® Stranded Kit 12 Rxns ¥12,631
Clontech 634443 SMART-Seq® Stranded Kit 48 Rxns ¥41,939
Clontech 634444 SMART-Seq® Stranded Kit 96 Rxns ¥55,549
SMART-Seq® Stranded Kit
SMART-Seq® Stranded Kit:以单细胞起始,构建高质量的链特异性RNA-seq文库
· 操作简便:以1–1,000个细胞 或10 pg-10 ng的总RNA起始,仅需7h即可完成文库制备;
· 高灵敏度:可以单细胞起始,保留链特异性,最终获得全长总RNA序列信息;
· 高再现性:准确检测包含编码和非编码RNA在内的全部转录组;
· 用途广泛:适用于降解的样本;
· 适用对象:人、小鼠、大鼠。
 
SMART-Seq® Stranded Kit能够直接从1-1,000个完整细胞(或10 pg-10 ng总RNA)起始,制备链特异性Illumina测序文库。本试剂采用随机引物法可以制备完整的转录组文库,并适用于部分降解及低品质的RNA。此外,本试剂采用专有的ZapR技术,在文库制备过程中去除核糖体cDNA。
 
如果是以oligo-dT引物起始对微量高品质的RNA进行cDNA合成时,推荐使用 SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for SequencingSMART-Seq HT Kit试剂盒。
 
图1. SMART-Seq Stranded Kit的技术流程
 
图2. 使用SMART-Seq Stranded Kit制备文库的结构特征
 
接头序列包含:通过PCR 1反应添加的可以与Illumina流动池结合生成簇的P7、P5序列(P7以淡蓝色表示,P5以红色表示),用于区分单个lane上多个样本的Index序列(Index 1 [i 7] 序列连接在P7端,Index 2 [i 5]连接在P5端)。并且还包括识别测序引物区域的Read 2(紫色)和 Read 1(绿色)。通过Read 1起始得到的原始RNA的反义链序列,Read 2起始获得的是原始RNA的正义链序列。其中,通过Read 2起始时,前3个碱基(XXX)是SMART-Seq Stranded Adapter衍生的序列。因此在双端测序时,需要在mapping前去掉这3个碱基。
 
表1.不同样本起始量的分析结果
 
以人脑总RNA 10 pg至10 ng不同量起始,使用SMART-Seq Stranded Kit制备RNA-Seq文库。该表中所显示的数据是三次重复的平均值,且重复之间相关性系数非常高(Pearson/Spearman表示)。即使起始量为10 pg时,也具有非常高的重现性。
 
图3. 在低起始量时,SMART-Seq Stranded Kit和Pico v2的比较
 
Panel A.以人脑总RNA (50 pg-10 ng)起始,分别使用SMART- Seq Stranded Kit和SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2 -Pico Input Mammalian (Pico v2)制备RNA-Seq文库(均做三次重复)。从测序数据随机抽取250万paired-end reads进行生物学信息分析。
 
Panel B.比较这两个试剂盒在总RNA以 50 pg起始制备文库的转录表达水平 (见Panel A), SMART-Seq Stranded Kit (Pearson =0.97)的再现性高于Pico v2 (pearson =0.92)。
 
 
图4. 不同起始量样本的高重现性
 
利用FACS分离出A375细胞,分别以1-1,000个细胞起始使用SMART-Seq Stranded Kit制备测序文库。其中,以5-1,000个细胞起始时,均做两个重复;以单个细胞起始时,做12个重复。为了作比较,同时使用从两种1,000个细胞中纯化的总RNA制备文库。
 
Panel A.:1-1,000个细胞起始的分析结果;
 
Panel B.:通过聚类热图展示了Panel A.中所示的所有样本的Euclidea距离,以及Pearson相关系数(范围为0.85至0.99)。其中单细胞样本标记为Cell1-Cell12,其他样本分别标记为a-b。
 
Technote
 
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