注意:SMART-Seq mRNA LP和SMART-Seq mRNA是SMART-Seq v4 PLUS和SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing的等效替代品,只有如下细微变动,本次更新并不影响这些试剂盒的流程和性能。 ·SeqAmp CB PCR buffer替代SeqAmp PCR buffer,以改善核酸纯化过程磁珠-沉淀物形成。 ·不再包含Afa I, 10X Afa I Buffer和0.1% BSA(因为在protocol中未使用) ·样本的起始范围从10 pg~10 ng扩展到10 pg~100 ng total RNA更灵活的选择:SMART-Seq mRNA ·LP试剂盒中不包含index,但也可以与Unique Dual Index (UDI) kits搭配使用 |
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SMART-Seq v4 Kit & SMART-Seq v4 Plus Kit:性能卓越的Ultra low mRNA全长分析 | |||||||||||
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SMART-Seq v4 Kit(SSv4)和SMART-Seq v4 PLUS Kit是第4代SMARTer Ultra low系统,能正确分析低至10 pg的Ultra low RNA,具有高灵敏度、高再现性的特点。 SMART-Seq v4 Kit是基于经典的SMART技术优化改良而来的,用于Ultra low RNA或少量细胞cDNA合成的试剂盒,提供全长转录本的信息,支持分析转录本异构体、融合基因、点突变等广受科研人员关注的内容,具有更高的灵敏度和再现性。SMART-Seq v4的Oligo中整合锁核酸(Locked Nucleic Acid, LNA)技术,提升了SSv4模板转换效率,能获得更高的再现性、更均一的gene body覆盖度,高GC含量转录本也能得到正确分析。 SMART-Seq v4 PLUS Kit在包含核心的cDNA合成试剂基础上,同时整合了Takara Bio Group专利性的文库构建技术(U.S. Patents 7,803,550, 8,399,199, 8,728,737, 9,598,727, 10,196,686, 10,208,337, and 11,072,823)及单次使用的双端特殊index(UDI),提供完整的Ultra low RNA或少量细胞由cDNA合成到文库构建的实验体验。建库试剂中包含片段化酶,以实现对合成cDNA的片段化,接着利用特别的茎环形接头构建高品质Illumina文库。在建库阶段,单管两步操作、过程中无需纯化、2 h即可建成文库! |
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■ SSv4 Kit:更受客户认可的经典技术! | |||||||||||
图1. SMART-Seq v4 模板转换机制 | |||||||||||
表1. 1、100、1000个Hela细胞主要mRNA-Seq数据 (Illumina® MiSeq® platform) | |||||||||||
表2. 10 pg-10 ng的人脑总RNA的mRNA-Seq (Illumina® MiSeq® platform) | |||||||||||
■ SSv4 PLUS Kit:不只是一个Kit,更是完整的Ultra low RNA-Seq建库体验 | |||||||||||
为了使Ultra low RNA或少量细胞cDNA合成、文库构建实验“一步”到位,我们全新推出了SSv4 PLUS Kit,从此您无需再单独购买建库模块,也不用“忍受”不同厂家不同步的供货周期。 | |||||||||||
从高灵敏度、高重复性的cDNA合成出发,构建更高品质Illumina文库 | |||||||||||
Takara科学家从10 pg小鼠脑total RNA起始,采用SMART-Seq v4 Kit完成cDNA合成。随后分别使用SSv4 Plus Kit中的SMART-Seq Library Prep Kit模块与市面上较常用的A公司试剂盒构建文库,并比较性能差异。 | |||||||||||
比较数据来源于Takara Bio USA, Inc. | |||||||||||
从测试数据中可以看出,SSv4 PLUS Kit所建文库的产量高于A公司Kit产量,而更高的文库产量更适于高通量型Illumina测序仪,如Novaseq。 | |||||||||||
两种方法所建文库随后用Nextseq 500完成测序,并对TPM(Transcripts per million)≥0.1的基因数进行统计。SSv4 PLUS文库能比A公司文库检出更多基因,从同样的cDNA起始能“捕获”更全的信息! | |||||||||||
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SSv4 Kit | |||||||||||
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单细胞NGS解决方案 | |||||||||||
页面更新:2024-05-21 08:11:21