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自动化高通量的单细胞差异表达分析
品牌 Code No. 产品名称 包装量 价格(元) 说明书 数量
Clontech 640199 ICELL8® cx 3’DE Chip 1 Chip 询价
Clontech 640167 ICELL8 3'DE Reagent Kit 1 Rxn 询价
Clontech 640212 ICELL8® Collection Kit - L 1 Pkg 询价
Clontech 640197 ICELL8® cx Loading Kit 1 Pkg 询价
Clontech 640192 ICELL8® 384-Well Source Plate and Seal (5/pack) Each 询价
高通量、高品质、更经济的单细胞3’端转录组分析解决方案
· 高通量单细胞分析:同时生成上千单细胞测序数据
· 样品灵活性高:一次实验可同时对8个不同样品进行单细胞分析
· mRNA 3’端捕获测序:mRNA 3’端捕获测序差异表达分析所需reads数更少
· 减少样品处理操作:自动完成文库构建前的细胞分离、挑选及混样,偏差更小
· 兼容illumina平台:构建的文库支持illumina平台测序
 
■ 产品说明
通过结合Takara Bio单细胞RNA-Seq文库构建的技术优势及ICELL8 cx Single-Cell System(Code No. 640188) 单细胞分选的优良性能,ICELL8 3’DE Reagent Kit 实验流程能够一次制备最多八个不同样品的I llumina测序文库,可高通量地分析单细胞基因表达差异。
样品细胞经过染色、稀释,使用ICELL8 cx单细胞分选系统将其分注到微孔芯片ICELL8 cx 3’DE Chip(Code No. 640199)中。微孔芯片表面排布5,184个纳升微孔,并预先固相化了Barcodes。通过单细胞分选系统的成像功能和配套的CellSelect软件,含有活单细胞的微孔将被挑选出来,并添加RT-PCR试剂,在芯片中完成cDNA合成与扩增。从芯片中将DNA产物混合收集,使用基于转座酶的方法富集mRNA 3’ 端来源的cDNA,随后通过PCR扩增整合入Illumina index序列。
通过每个微孔特异的Barcode序列,能从最终的文库测序数据中回溯每个活的单细胞来源的数据,并可基于mRNA 3’ 端计数 ,进行差异基因表达分析。配合ICELL8 cx单细胞分选系统,ICELL8 3’DE Reagent Kit为高通量单细胞差异表达分析提供了高效、经济的解决方案,一次实验即可从上千个活的单细胞获得高质量3’ 端测序数据。
 
■ 产品组分
完整的工作流程需要下列Takara Bio产品。同时,请参考对应的User Manual得到一份完整的试剂耗材清单:
用于ICELL8 cx Single-Cell System
· ICELL8 cx 3’DE Chip (Code No. 640199)
· ICELL8 3’DE Reagent Kit(Code No. 640167)
· ICELL8 Collection Kit-L (Code No. 640212)
· ICELL8 cx Loading Kit (Code No. 640197)
· ICELL8 384-Well Source Plate and Seal (5/pack) (Code No. 640192)
User Manual:ICELL8® cx 3’DE User Manual
 
图1 ICELL8 3’DE Reagent Kit工作流程
 
图2 选取iPS细胞分化至心肌细胞过程中的四个时间点(Day1/3/9/21),用 ICELL8 Single-Cell System进行单细胞高通量3’末端转录组分析,共获得约1,000个活的单细胞,平均每个细胞超过120,000 reads,测得1,200个基因(最大为750,000 reads,测得4,500个基因);tSNE分析结果可以看出不同分化阶段的细胞存在明显的基因表达差异。
 
图3 细胞特异性基因表达变化 随着分化的进行,iPS细胞特异性基因的表达数量减少,而心肌细胞特异性基因的表达数量增加。
 
Technote:
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参考文献
1. Ren, Z. et al. Single-Cell Reconstruction of Progression Trajectory Reveals Intervention Principles in Pathological Cardiac Hypertrophy. Circulation, 141, 1704–1719 (2020)
2. Wang, L. et al. Single-cell reconstruction of the adult human heart during heart failure and recovery reveals the cellular landscape underlying cardiac function. Nat. Cell Biol. 22, 108–119 (2020)
3. Krieger, T. G., et al. Modeling Glioblastoma Invasion Using Human Brain Organoids and Single-Cell Transcriptomics. Neuro-Oncology, 22, 1138–1149 (2020)
4. Yekelchyk, M., Guenther, S., Preussner, J. & Braun, T. Mono- and multi-nucleated ventricular cardiomyocytes constitute a transcriptionally homogenous cell population. Basic Res. Cardiol. 114, 36 (2019)
 
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