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自动化高通量的单细胞全长转录组分析
品牌 Code No. 产品名称 包装量 价格(元) 说明书 数量
Clontech 640222 SMART-Seq® ICELL8® cx Application Kit – 1 Chip 1 Rxn 询价
Clontech 640019 ICELL8® 350v Chip 1 Chip 询价
Clontech 640212 ICELL8® Collection Kit – L 1 Pkg 询价
Clontech 640206 ICELL8® Loading Kit – B 1 Pkg 询价
Clontech 640205 SMART-Seq® ICELL8® Indexing Primer Set – A 1 Chip 询价
Clontech 640218 SMART-Seq® ICELL8® Indexing Primer Set – B 1 Chip 询价
Clontech 640202 SMART-Seq® ICELL8® Reagent Kit 1 Chip 询价
Clontech 640203 SMART-Seq® ICELL8® Reagent Kit 3 Chip 询价
Clontech 640204 SMART-Seq® ICELL8® Reagent Kit 5 Chip 询价
Clontech 640192 ICELL8® 384-Well Source Plate and Seal (5/pack) Each 询价
无标题文档
 
 
全长转录组分析 延伸 单细胞全长cDNA制备 NGS文库制备 NGS文库定量
 
  NGS文库制备系统
 
 
高通量、高品质、更便捷的单细胞全长转录组分析解决方案
· 高通量单细胞分析:同时生成上千单细胞测序数据
· 样品灵活性高:一次试验可同时对8个不同样品进行单细胞分析
· 更少样品处理:自动完成文库构建前的细胞分离、挑选及样品收集,偏差更小
· 兼容Illumina测序平台:构建的文库支持Illumina平台测序
 
■ 应用领域
· 适用于Illumina平台的高通量、全长单细胞RNA-Seq文库的制备
 
■ 产品说明
转录本全长序列可以提供基因差异表达、基因融合以及可变剪切等高灵敏度分析。Takara的高通量单细胞全长转录组解决方案整合了SMART-Seq试剂,灵敏度更高。经过ICELL8 cx Single-Cell System(Code No. 640188)进行单细胞分选后,可获得>1,000个单细胞全长转录组信息。该实验流程支持在ICELL8芯片上直接进行cDNA扩增,同时引入Illumina特异接头序列,获得含Index的文库可直接用于Illumina平台测序。
ICELL8 cx Single-Cell System(Code No. 640188)能够将细胞分注到含5,184个纳米孔的空白ICELL8 350v芯片(Code No. 640019)中,完成单细胞的分离。使用CellSelect软件鉴定出含有“活的单细胞”的微孔。接着,SMART RT-PCR试剂被分注到选中的“活的单细胞”微孔中,然后将芯片转移至ICELL8 Chip Cycler中进行反应。在单次反应中,通过一步法RT-PCR完成cDNA第一链的合成与扩增。得到的全长cDNA直接在芯片上使用TED1(Illumina Tagment DNA Enzyme)进行片段化处理,片段化的cDNA 再通过正向和反向的Index引物(Code No. 640205、640218)进行扩增。包含了全长信息的扩增产物从芯片中混合收集,经纯化、扩增后即可获得测序用文库。
 
■ 产品组分
完整的工作流程需要下列Takara Bio产品。请参考对应的User Manual得到一份完整的试剂耗材清单:
用于ICELL8 cx Single-Cell System
· SMART-Seq ICELL8 cx Application Kit-1 Chip (Code No. 640222)*
· ICELL8 384-Well Source Plate and seal (5/pack) (Code No. 640192)
User Manual:SMART-Seq® ICELL8® cx Application Kit User Manual
* SMART-Seq ICELL8 cx Application Kit-1 Chip 包含以下五种制品,640019、640212、640206、640202、640205。640222包装量对应1张芯片用量。如实验中需要使用多张芯片,各制品可单独加购
· ICELL8 350v Chip (Code No. 640019)
· ICELL8 Collection Kit-L (Code No. 640212)
· ICELL8 Loading Kit-B (Code No. 640206)
· SMART-Seq ICELL8 Reagent Kit(Code No. 640202)
· SMART-Seq ICELL8 Indexing Primer Set-A (Code No. 640205)
 
图1 ICELL8 cx单细胞全长转录组测序文库制备工作流程
 
图2. 代表性样品的转录本覆盖度评价将人类基因组编码的不同转录本进行长度均一化。选取两个分选的K562细胞,将两个细胞中,比对到的reads覆盖度情况沿均一化后的转录本方向(5’→3’)绘制成曲线图(均一化转录本上5’→3’的位置信息由X轴上的百分数表示)。Y轴上,沿均一化转录本方向,将覆盖度相对于观察到的最大覆盖度进行均一化,由0-1范围表示。
 
图3. 基因表达检测的重复性评价 为评价使用ICELL8单细胞分选系统制备全长转录组文库的测序数据重复性,对鉴定到的所有转录本进行基因表达检测。所有单细胞文库基因表达检测结果的Pearson相关性如热图所示。
 
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