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自动化高通量的单细胞全长转录组分析
品牌 Code No. 产品名称 包装量 价格(元) 说明书 数量
Clontech 640183 SMARTer® ICELL8® 250v Chip 1 Chip 询价
Clontech 640048 ICELL8® Collection Kit 1 Pkg 询价
Clontech 640109 ICELL8® Loading Kit 1 Pkg 询价
Clontech 640202 SMART-Seq® ICELL8®Reagent Kit 1 Chip 询价
Clontech 640203 SMART-Seq® ICELL8® Reagent Kit 3 Chip 询价
Clontech 640204 SMART-Seq® ICELL8® Reagent Kit 5 Chip 询价
无标题文档
 
 
全长转录组分析 延伸 单细胞全长cDNA制备 NGS文库制备 NGS文库定量
 
  NGS文库制备系统
 
 
SMART-Seq® ICELL8® Reagent Kit—高通量、高品质、更便捷的单细胞全长转录组分析解决方案
· 高通量单细胞分析:同时生成上千单细胞测序数据
· 样品灵活性高:一次试验可同时对8个不同样品进行单细胞分析
· 更少样品处理:自动完成文库构建前的细胞分离、挑选及样品收集,偏差更小
· 兼容Illumina测序平台:构建的文库支持Illumina平台测序
 
■ 应用领域
· 适用于Illumina平台的高通量、全长单细胞RNA-Seq文库的制备
 
■ 产品说明
全长序列可以提供基因差异表达、基因融合以及可变剪切等高灵敏度分析。Takara的高通量解决方案整合了SMART-Seq v4试剂,灵敏度更高。在经过SMARTer ICELL8 Single-Cell System进行单细胞分选后,可获得>1,000个单细胞全长转录组信息。该实验流程支持在SMARTer ICELL8芯片上直接进行cDNA扩增,同时引入Illumina特异接头序列,获得含Index的文库可直接用于Illumina平台测序。
SMARTer ICELL8 Single-Cell System(Code No. 640000)能够将细胞分注到含5,184个纳米孔的空白SMARTer ICELL8 250v芯片(Code No. 640183)中,完成单细胞的分离。使用CellSelect软件鉴定出含有“活的单细胞”的微孔。接着,SMART RT-PCR试剂被分注到选中的“活的单细胞”微孔中,然后将芯片转移至ICELL8 Chip Cycler中进行反应。在单次反应中,通过一步法RT-PCR完成cDNA第一链的合成与扩增。得到的全长cDNA直接在芯片上使用ATM(Illumina Nextera® XT library preparation kit)进行片段化处理,片段化的cDNA 再通过正向和反向的index引物(Code No. 640205)进行扩增。包含了全长信息的扩增产物从芯片中混合收集,经纯化、扩增后即可获得测序用文库。
 
■ 产品组分
完整的工作流程需要下列Takara Bio产品。请参考SMARTer ICELL8 SMART-Seq User Manual得到一份完整的试剂耗材清单:
· SMARTer ICELL8 250v Chip (Code No. 640183)
· SMART-Seq ICELL8 Reagent Kit(Code No. 640202, 640203, 640204)*
· SMART-Seq ICELL8 Indexing Primer Set (Code No. 640205)*
· SMARTerTM ICELL8 Collection Kit (Code No. 640048)
· SMARTerTM ICELL8 Loading Kit (Code No. 640109)
 
* NOTE:Code No. 640202含有足够的试剂处理一张芯片,640203为三张芯片,640204为五张芯片。每一个SMART-Seq ICELL8 Indexing Primer Set(Code No. 640205)适用于一张芯片。请订购多个640205以匹配三个或五个规模的试剂盒。
 
图1 全长单细胞RNA-Seq SMARTer ICELL8文库制备工作流程
 
图2. 代表性样品的转录本覆盖度评价 将人类基因组编码的转录本进行长度均一化处理,两个不同分选的K562细胞比对的reads覆盖度沿均一化的转录本进行绘制(X轴上均一化转录本中的位置用百分数表示)。沿均一化转录本方向观察均一化覆盖度(Y轴上由0到1范围表示)相对于最大覆盖度的情况。如图所示,两个均一化覆盖度结果表现较好。
 
图3. 基因表达检测的重复性评价 为评价SMARTer ICELL8 system产生的全长RNA-seq数据的重复性,对所有鉴定到的转录本进行基因表达检测,并通过Pearson相关系数确定所有单细胞纳米孔之间的相关性,结果如热图所示。
 
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