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基因编辑后高通量SNP筛选
品牌 Code No. 产品名称 包装量 价格(元) 说明书 数量
Clontech 632652 Guide-it SNP Screening Kit 100 Rxns ¥4,587
Clontech 632653 Guide-it SNP Screening Kit 400 Rxns ¥11,572
无标题文档
 
 
          基因敲除    
          编辑效率检测 细胞基因型确认 Indel序列确认
sgRNA设计工具 sgRNA合成及筛选 CRISPR-Cas9导入方法            
  基因敲入        
          基因敲入检测        
 
 
检测基因编辑后细胞群中的单核苷酸替换
Guide-it SNP Screening Kit
· 高通量SNP筛选,无需测序
· 操作流程简单、快速,4小时可完成
· 在任意基因位点检测任意核苷酸替换
· 无论是哪种合子型,都可以识别出基因编辑后的细胞克隆
Guide-it SNP Screening Kit可以检测CRISPR/Cas9系统编辑后的细胞群中的单核苷酸替换,在96孔板中快速识别出基因编辑后的细胞克隆。整个操作流程简单快速,首先通过PCR扩增基因组靶标位点,之后使用识别特定结构的核酸内切酶进行酶切反应,然后读取荧光值就可以完成单核苷酸替换检测。无论需要检测的核苷酸替换类型、细胞克隆的接合性或者靶标位点的基因序列如何,都可以使用这个方法进行检测。了解此试剂盒的原理以及更多产品特点,您可以登录FAQs页面观看视频录像。
 
基因编辑技术其中一个强大的应用,就是在特定的基因组位点导入核苷酸替换,去模拟与人类疾病相关的单核苷酸多态性(SNPs)或者插入终止密码子以实现准确的基因敲除。然而,要从数以百计的克隆中筛选出一个对单核苷酸进行了编辑的细胞克隆,这对我们来说仍然是一个挑战,尤其是在没有相应的表型的情况下。而Guide-it SNP Screening Kit可以充分满足这个需求,让您在数百个细胞克隆中轻松筛选出单核苷酸编辑。
 
应用:
· 快速检测基因编辑后细胞群中的单核苷酸替换
· SNP基因分型
 
Video & FAQs
SNP Screening Kit Video & FAQs
 
 
实验例:
图1 Guide-it SNP Screening Kit 操作流程示意图。此示范操作流程描述了G>A替换(野生型鸟嘌呤编辑为腺嘌呤)的检测过程。基因编辑后,通过FACS或者有限稀释法分离单细胞并扩大培养成为克隆细胞系,野生型(G,上面)细胞系和核苷酸编辑成功的细胞系(A,下面)。之后提取基因组DNA,PCR扩增靶标位点附近的序列区域,所产生的PCR产物(蓝色)会与两个不同的互补寡核苷酸——一个displacement oligo(绿色)和一个 flap-probe oligo (深/浅紫色)进行杂交,flap-probe oligo 5’端包含一段不互补的固定序列(浅紫色),这段序列形成了flap。Oligos与PCR产物相杂交会形成以上两种结构中的其中一种结构,当然这取决于基因编辑的结果。当基因编辑成功发生时,flap-probe oligo在靶标位点形成完全的碱基配对,这时候产生的结构是一个double-flap结构(下面)。Double-flap结构由Guide-it Flap Detector识别检出,Guide-it Flapase核酸酶特异性剪切并释放出flap,从而产生荧光信号。当没有发生基因编辑时,flap-probe oligo在靶标位点不会形成完全的碱基配对,从而形成一个带有缺口的结构(上面),这个结构不能被Guide-it Flapase核酸酶剪切,也就不会产生荧光信号。通过这种方式,使用Guide-it SNP Screening Kit检测荧光信号就可以确认是否发生了预期的核苷酸替换。
 
图2 比较纯合子、杂合子和野生型细胞样品的SNP筛选结果。分别以纯合子、杂合子和野生型细胞为样品,使用Guide-it SNP Screening Kit检测所标明的核苷酸替换。在每一组检测结果中,在纯合子和杂合子样品(分别为蓝色和紫色)中所检测到荧光信号值相差不大。
 
图3 使用Guide-it SNP Screening Kit检测基因分型。本实验例中的SNPs样品均来自于Coriell研究所,这些样品在两个基因组位点(NCP1或者CFT基因)中的其中一个位点上携带了SNPs。使用Guide-it SNP Screening Kit(柱形图)和Sanger测序进行分析。Panel A. NCP1基因型分析。使用分别检测A或者G的两个flap-probe oligos独立进行实验,分析确定哪些样品是A>G替换的纯合子,哪些是杂合子。Panel B. CFTR基因型分析。分析确定哪些样品是没有发生T>A替换的野生型,哪些是T>A替换的纯合子。所有检测结果都通过Sanger测序进行了确认(结果显示在柱形图下面每个样品的下方)。
 
图4 利用Guide-it SNP Screening Kit在多个人类基因组位点检测核苷酸替换。以野生型或者纯合子来源的基因组DNA(从Coriell研究所获取)为样品,使用Guide-it SNP Screening Kit分析所标明的碱基替换。结果表明所有的碱基替换均可以被成功检测到,与野生型(橙色)和阴性对照(灰色)样品所获得的荧光信号相比,发生了所标明的核苷酸替换的纯合子(蓝色)样品产生了强荧光信号就可以说明这一点。
 
■ 产品组份
· MightyPrep Reagent for DNA
· Guide-it SNP Positive Control Mix
· Guide-it SNP Negative Control Mix
· Terra PCR Direct Polymerase Mix
· 2X Terra PCR Direct Buffer (with Mg2+, dNTP)
· Dilution Buffer
· RNase-free Water
· Annealing Buffer
· Flapase Buffer
· Guide-it Flapase
· Guide-it Flap Detector (40X)
 
 
产品详情请点击: