| 可用于DNA甲基化分析的CpG甲基化敏感型限制性内切酶 |
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当DNA识别序列中的碱基被甲基化时，一些限制性内切酶因甲基化碱基的类型和位置无法切断DNA。
将这些甲基化敏感限制性内切酶与基因工程方法（如PCR或qPCR）相结合，可以更容易地进行哺乳动物基因组的DNA甲基化分析，这是表观遗传分析的方法之一。
下表描述了可用于哺乳动物基因组DNA甲基化分析的CpG甲基化敏感型限制性内切酶，即受CpG methylase（5mCG）甲基化影响而不能进行DNA切断的限制性内切酶。 |
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| ■ 受CpG methylase（5mCG）甲基化影响的限制性内切酶 |
| ■ 因序列条件受CpG methylase（5mCG）甲基化影响的限制性内切酶 |
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| 此外，大肠杆菌来源的甲基化影响描述如下： |
| ◆ 受dam methylase甲基化影响的限制性内切酶（G6mATC） |
| ◆ 受dcm methylase甲基化影响的限制性内切酶（C5mCWGG） |
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| 受CpG methylase影响的限制性内切酶 |
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| 限制酶 |
识别位点 |
无法切断的序列*2 |
CpG |
dam |
dcm |
无法切断的序列*2 |
| Aat II |
GACGT/C
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GA5mCGTC
GACGT5mC(G)
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■ |
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| Acc I |
GT/MKAC
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GT5mCGAC
GTMKA5mC(G)
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■ |
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| Acc II |
CG/CG
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5mCG5mCG
5mCGCG
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■ |
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| Afa I |
GT/AC
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GTA5mC(G)
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■ |
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| Aor13H I |
T/CCGGA
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TC5mCGGA
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■ |
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| Aor51H I |
AGC/GCT
|
AG5mCGCT |
■ |
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| Apa I |
GGGCC/C
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GGGCC5mC(G)
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■ |
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◆
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GGGCC5mC(WGG)
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| ApaL I |
G/TGCAC
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GTGCA5mC(G)
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■ |
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| Bal I |
GCCN4/NGGC
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GCCN5GG5mC(G) |
■ |
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◆
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GGNC5mC(WGG) |
| BspT104 I |
TT/CGAA
|
TT5mCGAA
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■ |
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| BssH II |
G/CGCGC
|
G5mCG5mCGC
G5mCGCGC
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■ |
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| Cfr10 I |
R/CCGGY
|
RC5mCGGY
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■ |
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| Cla I |
AT/CGAT
|
AT5mCGAT
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■ |
◆ |
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(G)6mATCGAT
ATCG6mAT(C)
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| Cpo I |
CG/GWCCG
|
5mCGGWC5mCG
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■ |
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| Eae I |
Y/GGCCR
|
YGGC5mCG
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■ |
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◆
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YGGC5mCA(GG)
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| Eco52 I |
C/GGCCG
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5mCGGC5mCG
5mCGGCCG
CGGC5mCG
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■ |
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| 限制酶 |
识别位点 |
无法切断的序列*2 |
CpG |
dam |
dcm |
无法切断的序列*2 |
| Hae II |
RGCGC/Y
|
RG5mCGCY
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■ |
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| Hap II |
C/CGG
|
C5mCGG
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■ |
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| Hha I |
GCG/C
|
G5mCGC
GCG5mC(G)
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■ |
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| Mlu I |
A/CGCGT
|
A5mCG5mCGT
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■ |
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| Nae I |
GCC/GGC
|
GC5mCGGC
GCCGG5mC(G)
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■ |
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| Nhe I |
G/CTAGC
|
GCTAG5mC(G)
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■ |
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NT
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| Not I |
GC/GGCCGC
|
G5mCGGC5mCGC
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■ |
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| Nru I |
TCG/CGA
|
T5mCG5mCGA
T5mCGCGA
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■ |
◆ |
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TCGCG6mA(TC)
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| PmaC I |
CAC/GTG
|
CA5mCGTG
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■ |
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| Psp1406 I |
AA/CGTT
|
AA5mCGTT
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■ |
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| Pvu I |
CGAT/CG
|
5mCGAT5mCG
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■ |
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| Sac II |
CCGC/GG
|
C5mCG5mCGG
C5mCGCGG
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■ |
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| Sal I |
G/TCGAC
|
GT5mCGAC
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■ |
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| Sau3A I |
GATC
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GAT5mC(G)
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■ |
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| Sma I |
CCC/GGG
|
CC5mCGGG
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■ |
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| SnaB I |
TAC/GTA
|
TA5mCGTA
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■ |
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| VpaK11B I |
G/GWCC
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GGWC5mC(G)
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■ |
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◆
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GGWC5mC(WGG)
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*1 Msp I是Hap II的同裂酶，不受CpG甲基化酶的影响。
*2（）中的序列表示限制性内切酶识别序列以外的序列。 |
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M：A or C
N：A or C or G or T
R：A or G
Y：C or T
W：A or T
S：C or G
H：A or C or T
D：A or G or T
K：G or T
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