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大片段DNA的测序

■ 鸟枪法 (Shot Gun Sequencing) 测序
◇ 鸟枪法测序的操作方法
1. 对欲测序的DNA用物理方法进行切断处理,然后对片段DNA进行末端平滑化及磷酸化处理。
2. 进行Agarose电泳,切胶回收适当长度的片段DNA。
3. 将回收的DNA片段连入平端载体中,然后转化,挑选克隆。
4. 挑选一定数量的阳性克隆进行DNA测序。
5. 对数据进行编辑,最后拼接成一条大片段的DNA序列。
◇ DNA测序量

应该进行的DNA测序量以DNA片段实际长度的5倍量进行计算,对每个反应的有效测序长度定义为650 Bases。如:对10 kb的DNA片段进行测序时,可以按以下方法进行计算:
    测序量=10,000 Bases×5/650 Bases=77个反应

◇ 结果编辑
按上述所示计算的反应数量进行DNA测序,然后对其所有结果进行编辑。此时的测序结果会拼接成数个DNA大片段 (Contig)。
◇ 补缺工作
结果编辑工作结束后,会发现在数个DNA大片段 (Contig) 间的序列没有测定,此时应该进一步通过技术手段,解析那些没有被解明的DNA序列,进行整体DNA序列的补缺工作。
◇ 收费标准
来样前请询价。
◇ 其他说明
1. 病毒DNA中,特别是病毒DNA的两端经常会有大片段的 DNA重复序列出现,可能无法测序,请理解。
2. DNA序列中,有时会有G、A、C、T的连续结构、G/C rich等复杂的立体结构出现,此部分有可能无法测序,请理解。