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关于检索方法和检索结果
 
1.关于输入检索项
2.关于检索
3.关于检索结果
4.各种按钮
5.不支持PRTSS（Perfect Real Time Support System）的设计
 
1. 检索项目的录入
ORGANISM：
选择目标物种(Human, Mouse, Rat, Cow, Dog, Chicken, Arabidopsis, Oryza)。
 
GenBank Acc (Ensembl ID)：
对于人、小鼠和大鼠，GenBank accession中覆盖了大部分NCBI RefSeq登录的“NM_”、“NR_”开头的基因，在牛、狗和鸡中，覆盖了NM_和XM_开头的基因。一些除了“NM_”和“XM_”以外也可能被检索到。
对于拟南芥和水稻，Ensembl Plants注册基因的ID是目标。
 
GeneID (LocusID)：
对于人、小鼠、大鼠、牛、狗和鸡，它由NCBI Entrez Gene的ID (以前称为LocusLink的ID) 替代。
对于拟南芥，水稻，它是Ensembl Plants Gene的ID。
 
KeyWord：
查找基因名称 (部分匹配) 、符号名称 (部分匹配) 和Primer Set ID (完全匹配) 。
基因和符号名称不区分大小写。Primer Set ID区分大小写。
<基因名称、符号名称的AND搜索>
如果关键字和关键字之间有空格，则使用AND条件进行搜索。
示例:protein kinase
<基因名称、符号名称的NOT搜索>
查找不包含使用"-" (减号) 指定的关键字的空格。
示例:kinase-protein
<查找基因名称、符号名称的短语>
搜索""中的关键字作为一个字符串。
示例:"adenylatekinase1"
 
Only for oligo-dT primed template：
如果选中此项，则检索结果中显示的可用于PCR的引物，其模板是使用oligo-dT引物的反转录产物。
※ 没有polyA的ncRNA也会显示在这个检索中，但是没有polyA的ncRNA的情况下，反转录反应请使用随机引物。
 
2. 关于搜索
如果输入多个搜索项，则为AND搜索。
 
3. 检索结果的各项目说明
GeneID：
对于人、小鼠、大鼠、牛、狗和鸡，单击ID号可跳转到NCBI Entrez Gene (以前称为Locus Link) 的locus数据，并确认该locus的各种基因信息。对于拟南芥和水稻，链接到Ensembl Plants的相应页面。
 
Symbol：
这是在Entrez Gene上发表的官方符号。拟南芥、水稻不显示。
 
Name (description)：
在Entrez Gene中注册的基因名称。
 
GenBank Acc：
单击Accession可跳转到NCBI GenBank的相应基因数据或Ensembl Plants的相应基因页面，以查看基因信息。
 
Related：
显示与RefSeq注册基因不同的GenBank注册基因的accession。
 
Gene size：
设计目的基因的序列长度。
 
Primer Set ID：
每套引物的固定ID。
 
Position：
基因上的位置，接近PCR扩增区域的中心。扩增区域大约是100 bp,是扩增区域的基准。
R 适用于随机引物反转录反应产物。
dT 是设计在基因3’末端1.5 kb内的引物，适用于寡核苷酸dT引物反转录反应产物。
※没有polyA的ncRNA也会显示dT，但是没有polyA的ncRNA的情况下，反转录反应请使用随机引物。
 
Intron size：
如果扩增区域包含exon-junction,则显示基因组上的内含子大小。如果有多个，则显示每个内含子的大小。
如果不包括exon-junction,如果目标基因不能很好地比对到基因组并且不能确定exon-junction的位置，则显示"-"。
如果扩增区域包含exon-junction (内含子) ，则根据内含子大小，包含基因组DNA的RNA样品可能不会发生来自基因组DNA的扩增，或可能与目标基因的扩增不同。
 
Variants：
表示有可能扩增到对象基因以外的transcript variant的Accession编号。在该系统中，扩增除目标基因以外的基因的所有引物都被删除，但保留了可能扩增transcript variant的引物组。
 
Variants Cover率：
显示可扩增的variant/variant总数。X/X是所有Variant共同的引物，1/X是检索基因的特异性引物。
如果Variants Cover比率包含*，则存在具有不同扩增大小的Variant。
例:对于具有7个Variant且标记*为“Variants Cover”率为2/7 (7/7) 的Primer Set ID
如下表所示，全部7种都进行了扩增，但除2种Variant以外，其他都以不同的大小进行了扩增，因此不包含在Variants Cover率中。
GenBank Acc. Product Size
NM_XXXXXX.1 +3 bp
NM_XXXXXX.2 0 bp
NM_XXXXXX.3 0 bp
NM_XXXXXX.4 +3 bp
NM_XXXXXX.5 +3 bp
NM_XXXXXX.6 +3 bp
NM_XXXXXX.7 +3 bp
如果您想要扩增大小不一样的引物，可以定制设计。
 
House keeping gene：
显示选定物种中用作housekeeping gene的基因引物。对于拟南芥、水稻，不显示。
 
4. 各种按钮
检索：
开始检索，结果显示在下方。
 
Cart in：
你可以把你感兴趣的一套引物放进购物车里。放入购物车的优先购买套装是购买候补。并不是在这个阶段下订单。
 
购物车：
您可以看到购物车的信息。从引物设计购物车购买选择的Primer。
 
5. 不支持PRTSS本系统的设计
部分有效的accession或keyword可能不会在搜索结果中显示引物。在这种情况下，可能有以下原因。
· 由于新注册GenBank等原因，尚未设计。
· 虽然可以进行设计，但无法获得符合该系统标准的引物。
· 引物序列符合本系统标准，但特异性不符合本系统标准。
 
※本系统的注册基因设计采用统一标准。根据定制设计，考虑到每个基因的情况，有时可以设计，所以请咨询。(不支持PRTSS的引物探针设计服务)
如有更改，恕不另行通知。请了解。
 
 

页面更新：2023-11-01 10:33:51


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