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酵母杂交小课堂又双叒叕开课了!
 
酵母杂交系统是利用酵母转录因子GAL4的特性来进行蛋白质相互作用分析的系统。
在酵母双杂交系统中,GAL4 DNA -BD (DNA 结合域)与bait(诱饵)融合表达,GAL4 AD (转录激活域)与prey(猎物:文库))融合表达。bait和prey之间的相互作用可以使GAL4重新具有转录活性,从而可以激活下游报告基因的表达。利用选择培养基进行筛选即可获得具有报告基因活性的克隆,从而分析蛋白质之间的相互作用。在酵母单杂交系统中,GAL4 AD与prey蛋白质融合表达,prey与bait DNA序列(目的DNA序列)之间的相互作用可以激活下游报告基因的表达,从而使宿主酵母可以在缺陷培养基上生长。
而转化,无疑是实验中至关重要的一步,只有成功转化才能继续进行接下来的相关基因表达以及互作。
今天来介绍一下实验中“有大用”的酵母转化试剂盒!
酵母转化试剂盒Yeastmaker Yeast Transformation System 2 (Code No. 630439)
本试剂盒采用聚乙二醇(PEG)/醋酸锂方法高效制备并转化酵母感受态菌株,适用于小规模或文库级别的高效酵母转化,转化效率为3 × 105转化子/μg质粒DNA。
 
两大优点,提高转化效率!
♦ 采用“YPD Plus”复苏培养基,使更多的克隆子得以存活,为转化过程提供了更加高效、可靠的方法。
♦ 优化的Yeastmaker Carrier DNA(鲑鱼精子DNA)有助于质粒DNA的吸收。
 
海量应用案例,助力每一次酵母转化实验:
1、酵母双杂交系统,构建bait/prey蛋白质,用于研究蛋白质-蛋白质的相互作用。
Qu, Y., Wang, X., et al. (2021). ORF3a-Mediated Incomplete Autophagy Facilitates Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2 Replication. Frontiers in cell and developmental biology, 9, 716208.
通过筛选SARS-CoV-2(严重急性呼吸综合征冠状病毒-2,2019年冠状病毒病(新冠肺炎)大流行的病原体)的26种病毒蛋白,证明仅ORF3a的表达足以诱导不完全自噬。
以SARS-CoV-2 ORF3a作为诱饵蛋白质进行酵母双杂交筛选(使用Yeastmaker Yeast Transformation System 2将诱饵蛋白质转化至酵母菌株Y187),发现了 UVRAG与SARS-CoV-2 ORF3a的新的蛋白质-蛋白质相互作用,UVRAG是激活PI3KC3复合物以促进自噬体成熟并抑制人类结肠癌细胞增殖的关键自噬调节剂。通过SARS-CoV-2 ORF3a与自噬调节因子UVRAG相互作用,进一步研究ORF3a宿主自噬机制以及促进SARS-CoV-2复制的机制。
2、重组酵母菌株,用于研究重组酵母菌株相关性能
Suzuki, T., Hoshino, T. et al. (2019). High-temperature ethanol production by a series of recombinant xylose-fermenting Kluyveromyces marxianus strains. Enzyme and microbial technology, 129, 109359.
通过构建了两个重组马克思克鲁维菌株DMB5和DMB13,用于研究表达木糖还原酶(XR)、NAD+或NADP+依赖性木糖醇脱氢酶(XDH)和木糖醇激酶(XK)。使用Yeastmaker Yeast Transformation System 2对质粒pGK406-XDHXKXR和pGK606-mXDHXXXR进行酵母转化,转化为马克思克鲁维酵母酵母DMB2-108,并稍加修改。用EcoRV消化基于pGK406的质粒(pGK406 XDHXXKXR和pGK406 mXDHXXR),然后用于转化到DMB2-108中,分别构建重组菌株DMB5和DMB13。质粒pGK406用EcoR V消化,然后转化到DMB2-108中以构建DMB4(对照菌株)。将这些菌株与先前报道的表达木糖发酵酵母(Scheffersomyces stipitis)XR和NAD+依赖性XDH以及酿酒酵母XK的菌株DMB3-7进行比较,以评估30°C和40°C下的酶活性和乙醇生产率。
3、构建酵母载体,进行酵母表达研究
a) Thimmappa, R., Wang, S.,et al. (2022). Biosynthesis of saponin defensive compounds in sea cucumbers. Nature chemical biology, 18(7), 774–781.
酿酒酵母是功能分析基因的模式生物,酵母系统已被广泛用于确认几种植物中脂肪酸去饱和酶的预测活性。将空pYES2载体转化的酵母细胞用作对照;酵母表达载体pYES2被用于独立克隆BnaFAD2-A5和BnaFAE1-A8基因,将两个构建体分别转化(使用Yeastmaker Yeast Transformation System 2)到酿酒酵母(INVSc1)中,并在酵母中表达它们以评估其功能。
b) Zafar, S., Tang, M. et al. (2020). Candidate genes-association study to identify loci related to oleic acid in Brassica napus using SNP markers and their heterologous expression in yeast. Plant physiology and biochemistry : PPB, 146, 294–302.
通过整合DNA技术,将紫球海胆(S.purpuratus)LSS、仿刺参(A.japonicus)的OSC1a、OSC2a、OSC1b和OSC2b编码序列合成为gBlocks。然后在酵母中通过同源重组方式重组gBlocks以获得全长基因。在酵母菌株Gil77(gal2 hem3-6 erg7 ura3-167)中进行所有酵母同源重组和表达分析。使用引物通过PCR扩增gBlocks。然后将扩增的gBlocks与用Xba I和Hind III线性化的pYES2载体一起共转化为Gil77。使用Yeastmaker Yeast Transformation System 2进行酵母转化。转化使pYES2载体和gBlock OSC片段之间的体内重组,从而产生全长表达构建体。从酵母中回收质粒并转化到大肠杆菌(DH5α)中,通过测序验证其序列并进行后续酵母表达相关研究。
 
多种关联好物,强烈推荐!
Matchmaker Gold酵母双杂交系统是深受欢迎的Matchmaker产品线中研究蛋白质—蛋白质相互作用的一款产品。系统中包含新的Y2HGold酵母菌株、更加严密的筛选报告基因、简单易用的文库、高水平表达的载体以及基于SMART技术的文库构建试剂盒。
Matchmaker Gold酵母单杂交(Y1H)文库筛选系统为鉴定蛋白质-DNA相互作用提供了简便高效的方法。所有的Matchmaker Gold系统均采用筛选强度较高的Aureobasidin A(AbAr)抗生素报告基因。这种新型的报告子可以高效杀死非抗性克隆,从而大大降低了背景克隆的生长。
Make Your Own Mate & Plate Library System可以用于自制文库。利用该系统,一周之内即可构建足够用于数百次酵母双杂交筛选实验的所需文库。文库构建是在Y187文库酵母菌株中通过酵母高效的同源重组机制直接完成的,无需进行传统文库构建过程中的一些繁冗的操作 (比如文库克隆、扩增和大肠杆菌收集等)。
Normalized Mate and Plate Libraries是高度复杂的cDNA文库,文库克隆到GAL4 AD载体上并转化到酵母菌株Y187中。因为文库扩增和酵母转化操作已经完成,所以使用这些文库进行双杂交筛选更加省时省力。均一化处理降低了文库中高丰度的转录本,低丰度及稀少的cDNA得以富集,这样的文库更加具有基因代表性,也使筛选操作更加简单,并大大降低了在筛选文库时获得假阳性的可能性。
 
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页面更新:2023-10-18 11:46:17