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单细胞转录组分析可以这样用!
 
众所周知,群体测序可能会掩盖稀有细胞类型等重要生物学现象,因此越来越多的研究人员转向单细胞测序,以更好地了解单个细胞如何在整个复杂生物学系统中起作用。
 
目前有较多的单细胞测序方法可以选择。那么,如果进行细胞测序分析,您会选择哪种技术?
 
比如备受信赖的Takara的SMART-Seq技术,以修饰的Oligo d(T)引物起始,能够覆盖全长的转录本,检测灵敏度高,从而可用于在单细胞水平上进行差异表达、融合基因、可变剪接等研究。
 
再比如高通量Droplet(液滴微流控)技术,因为可以实现在短时间内分析更多数量的单细胞而颇受欢迎。但研究人员也发现,仅使用一种单细胞测序方法不足以展现丰富的单细胞数据。
 
所以,选择哪种方法进行单细胞转录组分析更好呢?
 
scRNA-seq分析的新时代,不是二选一,而是二合一!
 
有效利用两种不同技术的优势,双管齐下更加全面地进行单细胞转录组研究!
 
为什么这么讲,请看这个例子

最近加利福尼亚理工学院和艾伦脑科学研究所的研究人员【1】,对来自BICCN(BRAIN Initiative Cell Census Network)的已有的小鼠初级运动皮层(MOp)样本的scRNA-Seq数据进行分析。 他们分析了6,160个细胞(筛选后)的全长SMART Seq v4(SMART Seq)数据和90,031个细胞(筛选后)的基于Droplet技术的A方法的数据。两种方法都可以鉴定出多种细胞类型。进一步分析发现,使用基于Droplet技术的A方法能够检测的细胞数量较多,因此可以识别少数稀有细胞群体。 而SMART-Seq技术通量虽相较于Droplet低,但灵敏度更高。通过检测全长转录组信息,可以对异构体进行定量,也使得细胞类型精细分类成为可能。(详细内容请参见论文中的Figure1: a和Extended Data Figure2: b, c)。
 
1. Booeshaghi, A. S. et al. Isoform cell type specificity in the mouse primary motor cortex. bioRxiv 2020.03.05.977991 (2020).
 
这也说明,这两种技术的关系更是协作者,而非竞争者,可以首先利用Droplet RNA-seq方法来鉴定细胞类型,然后由SMART-Seq 方法对细胞群进行更深度的鉴定,进行异构体分析,SNP检测等,即同时使用SMART-seq技术与Droplet NGS技术可以构建一种更加完善的单细胞测序方式!
 
SMART-Seq技术的元气担当-SMART-Seq Single Cell Kit !
 
它有什么过人之处,一段rap来表述
  · 基于SMART-Seq技术
  · 单细胞全转录组研究的用处,
  · 和低质量的cDNA制备说不,
  · 即使RNA含量非常低的细胞也能“守护”
  · 差异表达,融合基因,异构体分析统统“收复”,
  · 让您的实验不辜负!
 
客户案例
 
东京大学新领域创成科学研究科的关先生团队使用SMART-Seq® Single Cell Kit进行细胞块的RNA-Seq研究。本次实验,首先将直径约为150-200μm的小细胞块(小鼠肾脏和肝脏)分选到384孔板中并进行裂解。之后将其中一部分转移到96孔板中,在自动化移液系统dragonfly discovery(SPT Labtech)上运行SMART-Seq® Single Cell Kit(1/4体积用量)制备cDNA,再使用Nextera XT DNA制备测序文库,并在NovaSeq 6000(Illumina)上进行测序分析。
 
 
对其中1个lane中的192个样品进行测序分析发现,样本的检测基因数在11,000-14,000个之间,且能获得超过250万个reads。说明使用SMART-Seq Single Cell Kit能检测到较多的基因
 
不同组织来源的样本之间的R2值为0.5或更低(数据未显示),而来自同一种组织的样本相比,R2值为0.9或更高。因此使用SMART-Seq Single Cell Kit可以获得高再现性的数据
 
以上都表明,经过优化和验证且根据严格的质量标准生产的SMART-Seq Single Cell Kit,在单细胞分析时都有非常高的灵敏度,非常高的产量!
 
最后想再次说明,SMART-Seq Single Cell Kit技术和Droplet可以搭配使用,打出漂亮的单细胞分析的组合拳,帮您在单细胞测序分析道路上提供新思路!
 
【参考文献】
最最后,如果想要了解更多SMART-Seq Single Cell Kit点击查看
 
 
 

页面更新:2020-12-01 08:31:30