| 这些样本的RNA-Seq，还能再“救”一下 |
| 在日常科学研究中，很多样本由于蕴藏巨大的科研价值，受到科研工作者重点关注，并用于RNA-Seq分析，揭示疾病发生发展机制。这些样本既包括肿瘤学研究中的FFPE、游离核酸、细胞外囊泡等样本，也包括近来比较受关注的病原微生物样本。但对这些样本进行RNA-Seq时，科研人员往往会遇到很多难点，成功率偏低，阻碍了他们对疾病发生机制的探索。 |
| 面对这些珍贵但品质不高的样本，一个RNA-Seq建库策略就能从容应对——SMARTer® Stranded Total RNA-Seq Kit v2 - Pico Input Mammalian （Pico v2） |
| ■ 产品特色 |
| · 微量RNA起始 250 pg-10 ng 人、大/小鼠 total RNA起始 · 无需担心RNA降解 兼容不同品质的RNA (RIN2-10或DV200>25%）LCM、FFPE来源的样本以及cfRNA等 · 操作简便时间短 不需要前处理rRNA, 6小时内完成Illumina文库构建 · 非编码与编码同时分析 随机引物起始，捕获全转录组信息 · 信息可靠 保留链特异性信息，制备的文库具有方向性 |
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| 由以上特点，当科研人员面对之前无法成功进行RNA-Seq分析的FFPE、游离核酸、病原RNA等样本时，Pico v2提供了“还能再救一下”的可能↓ |
| 1. “拯救”肿瘤学研究的三大样本 |
| · FFPE RNA降解严重？5-50 ng，DV200＞25%的RNA样本都别轻言放弃！ |
| 福尔马林固定石蜡包埋（Formalin-Fixed and Paraffin-Embedded, FFPE）样本广泛保存于各大医院、高校、研究所的样本库。这类样本的RNA-Seq分析，能为Biomarker筛查、回顾性研究、疾病机制探讨提供可能。 然而，由于处理、保存等条件的限制，FFPE样本中不易留存高品质RNA。同时，提取RNA前不当的前处理方案，不合适的扩增方法也不易获得足够量的核酸用于NGS分析。 Pico v2专门优化用于低品质、微量的FFPE RNA-Seq文库构建！有一说一，真的好用↓ |
| ■ Takara实验案例 |
| 取4个不同降解程度的FFPE-RNA样本（DV200在28%-68%之间），使用本试剂盒制备文库，然后进行NGS分析。同一样品，不同起始量检测到的转录本数量基本相同，具有很高的表达重复相关性，而且比对到rRNA的比率≤20%。 |
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| · 游离RNA，细胞外囊泡RNA-Seq难度大？Pico v2 助力攻克难题 |
| ■ 游离RNA-Seq（cell free RNA, cfRNA） |
| 游离RNA，是游离于体液中的RNA。随着研究的不断深入，科研人员对cfRNA的关注度逐渐增加。但cfRNA在外周血中含量低、结构不稳定，文库制备比较困难。 |
| 别怕，Pico v2能轻松应对！我们用实例说话↓ |
| 实验案例 |
| Takara科学家采用Pico v2与前一代产品Pico v1构建150 pg、1 ng cfRNA样本文库，从实验结果可以看出↓ |
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| 相较于Pico v1，Pico v2在更低的150 pg cfRNA起始条件下，所建文库mapping率更高，核糖体和线粒体检出比例更低，基因检测数量更多，能进行更高灵敏度的分析。 |
| 由此证明：Pico v2更适合cfRNA样本的可靠分析！ |
| ■ 细胞外囊泡（Extracellular Vesicles, EV）RNA-Seq |
| 细胞外囊泡是存在于细胞培养上清以及血液、尿液等体液中的各种具有脂质双层膜结构的囊泡总称，主要由外泌体、微囊泡和凋亡小体组成，被认为是潜在的Biomarker。科研人员非常重视EV中RNA的分析，其中mRNA与lncRNA的分析由于存在一定难点，科研人员需要更好的技术去解决问题！ |
| Pico v2采用随机引物起始，能够一个样本同时完成mRNA与lncRNA文库的构建，是EV RNA-Seq的理想选择！ |
| 2. 突破病原样本RNA-Seq瓶颈 |
| 宏转录组技术是近几年兴起的采用NGS分析环境、临床研究样本中所有RNA病毒的技术，用于RNA病毒基因组序列的解析、溯源与变异追踪，为后续实现对感染性疾病精准诊断、治疗及预防提供技术保障。 科研人员进行病原微生物NGS分析时，往往会遇到病原核酸含量少、样本背景复杂、宿主核酸干扰大、建库过程PCR扩增不均一等问题，给正确分析病毒基因组信息造成困难。 |
| Pico v2能够应对这一挑战，已被大量用于RNA病原微生物的检测分析！！ |
| ■ 文献案例 |
| 复旦大学张永振教授团队通过测序分析了新冠病毒基因组序列，该病毒样本来自一名41岁的男性患者，相关成果发表在Nature杂志题为A new coronavirus associated with human respiratory disease in China的文章中。本研究确定了该病毒的基因组，同时进行系统进化分析。作者使用了Pico v2制备宏转录组文库，通过核心的ZapR v2、Rprobes v2技术在建库过程中去除了人源rRNA! |
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页面更新：2020-12-02 10:08:15
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