利用CRISPR筛选发现新冠病毒宿主因素

机构用户解决方案

产品选择指南

一般PCR相关制品

PCR Enzyme的选择 PCR原理说明 Takara优选酶多功能酶高保真酶：PrimeSTAR系列基本PCR：Taq系列 Powerful PCR：MightyAmp系列直接电泳的酶制品特殊用途：多重PCR，防污染等高端PCR酶（Clontech） DNA PCR相关制品 RNA PCR相关制品 PCR Subtraction相关制品 PCR仪器
等温扩增相关制品

等温扩增酶
定量PCR相关制品

qPCR学习中心 qPCR套装反转录反应（qPCR专用）反转录反应试剂(Clontech) 嵌合荧光法检测(Takara) 嵌合荧光法检测(Clontech) miRNA 嵌合荧光法检测探针检测 Cycleave探针检测 qPCR－仪器 qPCR Primer qPCR－RNA/DNA的制备
cDNA合成 & 克隆

克隆学习中心 DNA Ligation TA克隆和平滑末端克隆 In-Fusion无缝克隆 cDNA合成&文库构建 SMART全长cDNA合成&文库构建 Random Mutagenesis Site-Directed Mutagenesis 基因组DNA序列调取试剂盒 Vector（克隆用）感受态细胞修饰酶/Ligases 修饰酶/磷酸酶、激酶修饰酶/DNA & RNA Polymerase 修饰酶/焦磷酸酶修饰酶/RTase、RNase Inhibitor 修饰酶/核酸酶、拓扑异构酶 Nucleotide Buffer（Powder）etc. 用于mRNA生产的酶（HQ级） Others（基因工程相关制品）
NGS相关制品

NGS 学习中心单细胞 RNA-Seq 单细胞 DNA-Seq RNA-Seq DNA-Seq 生殖健康表观遗传学分析免疫库分析单细胞分选系统 NGS关联制品 PCR酶（NGS用）前代RNA-Seq/DNA-Seq制品
自动化系统

自动化学习中心高通量单细胞分选系统ICELL8 cx 及其应用高通量Real-Time PCR系统自动化NGS文库制备系统高通量单细胞分选系统ICELL8应用
核酸提取、纯化及DNA标记

DNA片段、质粒DNA纯化基因组DNA纯化试剂(柱式法) 基因组DNA纯化试剂(试剂型) RNA提取、纯化试剂(柱式法) RNA提取、纯化试剂(试剂型) RNA保存试剂 Small RNA提取试剂体液样品exosome提取试剂病毒核酸纯化试剂盒酵母核酸纯化试剂盒核酸提取及纯化制品-Others DNA标记标记DNA-蛋白质的回收
限制酶

限制酶基本信息常规限制酶系列产品 QuickCut限制酶 RNA限制酶
电泳相关制品

核酸染料 DNA Markers RNA Markers 蛋白质Markers Agarose Loading Buffer 常用缓冲液方便装电泳相关装置
蛋白质互作研究（酵母杂交系统）

Takara酵母杂交学习中心 Matchmaker^® Gold酵母双杂系统 Matchmaker^® Gold酵母单杂系统互作的确认和评价 Matchmaker相关制品
表达调节及蛋白质性能分析

iDimerize^™蛋白质互作诱导系统 ProteoTuner^™蛋白质调节系统 Tet诱导表达系统
蛋白质表达相关制品

E.coli蛋白质表达 Brevibacillus/Bacillus蛋白质表达哺乳动物细胞蛋白质表达昆虫细胞蛋白质合成(Clontech) 无细胞蛋白质合成系统 Protein Refolding
蛋白质纯化、分析和检测

Capturem新型膜技术应用蛋白质样品制备 His标签融合蛋白质纯化 GST标签融合蛋白质纯化生物素标签融合蛋白质纯化 DYKDDDDK标签融合蛋白质纯化 Myc标签融合蛋白质纯化抗体纯化蛋白质IP&Co-IP 糖/磷酸化蛋白质纯化蛋白质检测蛋白质电泳胶染色蛋白质定量蛋白酶（His标签去除）蛋白酶（氨基酸序列分析）
基因导入（Virus、Vectors）

病毒基因传递系统选择向导重组慢病毒(Lentivirus)制品重组逆转录病毒(Retrovirus)制品重组腺相关病毒(AAV)制品重组腺病毒(Adenovirus)制品哺乳动物细胞用载体酵母、丝状真菌用载体植物用载体
转染试剂

Xfect转染试剂选择向导质粒转染试剂 RNA转染试剂 Protein转染试剂
干细胞研究相关制品

干细胞学习中心干细胞基因操作 (Cell reprogramming) 细胞 (Cell) 细胞培养产品 (Cell culture) 抗体 (Antibodies) 分化试剂盒和多能性监测 (Pluripotency and Differentiation ) 基因编辑（Gene Editing）
表观遗传学相关制品

甲基化DNA富集相关制品 PCR/qPCR相关制品 Control Genome DNA 甲基化DNA相关酶制品亚硫酸氢盐处理相关制品
基因组编辑相关制品

CRISPR/Cas9 Cre重组酶基因敲入用长单链DNA制备
荧光蛋白质 & 报告系统

荧光蛋白质按颜色、名称分类荧光蛋白质按用途分类荧光蛋白质相关制品报告系统
抗体 & ELISA & 细胞信号转导

细胞增殖、细胞毒性测定细胞凋亡（Takara）细胞凋亡（Clontech） EIA试剂盒（Takara）免疫染色关联制品细胞信号转导（Clontech）酶活性测定试剂盒脂肪细胞、骨细胞分化试剂抗体（Takara）
细胞 & 培养相关制品

细胞培养相关制品细胞生物学检测试剂细胞解冻仪器
microRNA & RNAi研究相关制品

RNA合成提取及纯化制品 microRNA定量PCR miRNA表达 Small RNA克隆 shRNA表达检测合成siRNA定量 RNAi相关制品
Library & cDNA & RNA

Human cDNA libraries series Mouse cDNA libraries series Rat cDNA libraries series cDNA、Genome DNA Total RNA & Poly A⁺ RNA
糖工学相关制品

糖工学酶糖工学试剂盒 Glycosphingolipid解析试剂
应用检测（食品-环境-人）

活菌DNA检测相关制品防污染相关制品食物中毒检测（PCR）食物中毒检测 (Real Time PCR) 食物中毒检测 (按Target选择) 肉种鉴定相关制品水质检测人感染症检测菌种鉴定支原体检测
仪器相关制品

PCR仪器支持中心 Q-PCR仪 E-PCR仪电泳仪器产品
Clontech相关组分信息表

Clontech相关组分信息表

技术服务信息

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利用CRISPR筛选发现新冠病毒宿主因素

发现宿主因素对于了解新冠病毒发病机理以及识别新的治疗靶标是至关重要的。在病毒学研究领域，CRISPR筛选非常适用于病毒-宿主相互作用分析；确定对病毒入侵，复制和传播至关重要的宿主因素；确定新药物靶点并对其进行优先次序排序。利用sgRNA文库进行基因组规模的CRISPR/Cas9基因敲除筛选，可以帮助我们识别引起疾病反应的重要宿主因素。

■ 一步操作方案，轻松制备高质量sgRNA文库。

Takara可以提供混合的慢病毒sgRNA文库系统Guide-it CRISPR Genome-Wide sgRNA Library System，用于在人细胞中进行表型敲除筛选。该文库系统基于Brunello文库（Doench et al. 2016; Doench et al. 2018）设计，包含超过76,000条向导RNA（sgRNA），靶向约19,000个基因，每个基因有四条高效的向导RNA以及非靶向sgRNA对照。这个扩增文库经过了充分验证，以可即时转染的冻干形式提供，可以让您轻松制备出高滴度慢病毒并建立全基因组CRISPR筛选。

正如下图所示，我们的sgRNA文库系统，以单管冻干混合物形式提供，其中包含sgRNA载体，Lenti-X包装质粒和Xfect转染试剂。该系统通过高效的一步操作方案，可轻松完成转染和慢病毒制备过程。

CRISPR筛选后，可进行NGS分析，鉴定感兴趣的候选基因。Takara提供的NGS分析试剂盒Guide-it CRISPR Genome-Wide sgRNA Library NGS Analysis Kit包含以全基因组sgRNA文库转导的细胞集群为起始样品，制备Illumina测序用NGS文库所需要的引物和试剂。

■ 严紧的质量控制，以确保sgRNA代表性。

为了确保正确的sgRNA代表性，Takara对sgRNA文库进行了精心制作，测定了每一步操作的sgRNA代表性：包括文库合成、扩增、病毒制备和靶细胞转导步骤。下图Panel A展示了质粒文库中向导RNA的代表性。将基于Brunello的sgRNA库克隆到pLVXS-sgRNA-mCherry-hyg载体中并进行扩增。使用NGS技术分析验证质粒DNA文库sgRNA的代表性。检测结果显示，文库中超过90%的sgRNAs在10倍分布范围以内。图表中的柱形表示具有特定读段数的sgRNA数量。下图Panel B为质粒文库和转导细胞中sgRNA代表性的比较。以潮霉素为筛选标记，筛选出Cas9+/sgRNA+ A375细胞，提取基因组DNA并进行PCR扩增。测序分析PCR产物，检测PCR产物中每一个整合的sgRNA相对于起始质粒DNA文库的读段数。Spearman和Pearson相关性分析结果显示，这两者都具有很强的相关性，说明这个系统无论是在经过转导的细胞中还是筛选后的细胞中都可以有效保持sgRNA的代表性。

Code No.	产品名称	包装量
632646	Guide-it CRISPR Genome-Wide sgRNA Library System	5 Screens
632647	Guide-it CRISPR Genome-Wide sgRNA Library NGS Analysis Kit	10 Rxns
632651	Guide-it CRISPR Genome-Wide Library PCR Kit	20 Rxns

使用全基因组CRISPR筛选进行病毒学研究发表的部分文献

1. Flint, M. A genome-wide CRISPR screen identifies N-acetylglucosamine-1-phosphate transferase as a potential antiviral target for Ebola virus. Nat. Comm. 285, (2019).
2. Gebre, M. et al. CRISPR-Cas9 Genetic Analysis of Virus-Host Interactions. Viruses 10, 55 (2018).
3. Han, J. Genome-wide CRISPR/Cas9 Screen Identifies Host Factors Essential for Influenza Virus Replication. Cell Rep. 23, 596-607 (2018).
4. Li, B. et al. Genome-wide CRISPR screen identifies host dependency factors for influenza A virus infection. Nat. Comm. 11, 164 (2020).
5. Marceau, C. D. Genetic dissection of Flaviviridae host factors through genome-scale CRISPR screens. Nature 535, 159-163 (2016).
6. Park, R. J. A genome-wide CRISPR screen identifies a restricted set of HIV host dependency factors. Nat. Genet. 49, 193-203 (2017).
8. Puschnik, A. S. et al. A CRISPR toolbox to study virus-host interactions. Nat. Rev. Microbiol. 15, 351-364 (2017).

参考文献：

1. Doench, J. G. et al. Optimized sgRNA design to maximize activity and minimize off-target effects of CRISPR-Cas9. Nat. Biotechnol. 34, 184-191 (2016).
2. Doench, J. G. et al. Am I ready for CRISPR A user's guide to genetic screens. Nat. Rev. Genet. 19, 67-80 (2018).

页面更新：2020-05-15 10:13:29