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自动化高通量的单细胞差异表达分析
品牌 Code No. 包装量 价格 说明书 数量
Wafergen 640164 1 Rxn 询价
Wafergen 640165 3 Rxn 询价
Wafergen 640166 5 Rxn 询价
SMARTer® ICELL8® Chip and Reagent 3' DE Kit—
高通量、高品质、更经济的单细胞3’端转录组分析解决方案
· 高通量单细胞分析:同时生成上千单细胞测序数据
· 样品灵活性高:一次实验可同时对8个不同样品进行单细胞分析
· mRNA 3’端捕获测序:mRNA 3’端捕获测序差异表达分析所需reads数更少
· 更少样品处理:自动完成文库构建前的细胞分离、挑选及混样,偏差更小
· 兼容illumina平台:构建的文库支持illumina平台测序
 
■ 产品说明
通过结合Takara Bio单细胞RNA-Seq文库构建的技术优势及SMARTer ICELL8 system单细胞分选的优良性能,SMARTer ICELL8 3’DE实验流程能够一次制备最多八个不同样品的illumina文库,可高通量地分析单细胞基因表达差异。
SMARTer ICELL8 Chip and Reagent 3' DE Kit (Code No. 640164, 640165, 640166) 是配套SMARTer ICELL8 Single-Cell System(需另行购买)使用的产品。试剂盒中包含具有5,184个微孔的Chip及cDNA合成、illumina文库构建的试剂。
Chip各孔预先固相化了Barcodes,ICELL8系统能将细胞和RT-PCR反应试剂注入孔中,并在Chip上完成活的单细胞捕获及指定孔cDNA合成。RT-PCR反应后,从芯片上收集混合的cDNA产物,并纯化。基于转座酶法富集mRNA 3’端来源的cDNA,随后通过PCR扩增反应整合入illumina index序列。
通过每个微孔特异的Barcode序列,能从测序数据中回溯每个活的单细胞来源的数据,并可基于mRNA 3’端统计,进行差异基因表达分析。因此,由于一次能获得上千活的单细胞3’端高品质测序数据,该试剂盒提供了高效、经济的高通量单细胞差异表达分析解决方案。
 
图1 SMARTer ICELL8 Chip and Reagent 3' DE Kit工作流程图。
 
图2 选取iPS细胞分化至心肌细胞过程中的四个时间点(Day1/3/9/21),用SMARTer ICELL8 Single-Cell System进行单细胞高通量3’末端转录组分析,共获得约1,000个活的单细胞,平均每个细胞超过120,000 reads,测得1,200个基因(最大为750,000 reads,测得4,500个基因);tSNE分析结果可以看出不同分化阶段的细胞存在明显的基因表达差异。
 
 
参考文献
1. Gao, R. et al. Nanogrid single-nucleus RNA sequencing reveals phenotypic diversity in breast cancer. Nat. Commun. 8, 228 (2017)
2. Aarts, M. et al. Coupling shRNA screens with single-cell RNA-seq identifies a dual role for mTOR in reprogramming-induced senescence. Genes Dev. 31, 2085-2098 (2017)
3. Kim et al. Chemoresistance evolution in Triple-Negative Breast cancer delineated by single-cell sequencing, Cell(2018)
4. Goldstein, L. D. et al. Massively parallel nanowell-based single-cell gene expression profiling.BMC Genomics 18, 519 (2017)
 
 
产品详情请访问以下英文网页:
https://www.takarabio.com/products/automation-systems/smarter-icell8-systems
/smarter-icell8-applications/single-cell-differential-expression-analysis