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DNA甲基化 (methylation) 检测

★ Takara特别的引物设计,可以特异地检测目标区域
★ 检测试剂系统化(从硫化试剂至克隆,采用Takara试剂,保证检测结果高可信度)
■ DNA甲基化简介
DNA甲基化修饰现象广泛存在于多种有机体中,是表观遗传学 (Epigenetics) 的重要组成部分。大量研究表明,DNA甲基化能引起染色质结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变,从而在基因的表达及其调控、DNA的复制、细胞的生长、X染色体失活、衰老以及许多人类疾病 (如发育畸形、癌症、心血管疾病、糖尿病和神经心理失调等) 发生过程中发挥重要作用。
 
■ CpG岛简介
DNA的甲基化主要形成5-甲基胞嘧啶和少量的N6-甲基腺嘌呤及7-甲基鸟嘌呤。在高等生物中,5-甲基胞嘧啶多发于CpG二核苷酸序列中,基因组中60%-90%的CpG是甲基化的。在甲基转移酶 (CpG Methyltransferase, M.SssI) 的作用下,利用S-腺苷甲硫氨酸提供的甲基,使CpG二核苷酸序列中的胞嘧啶转变为5-甲基胞嘧啶。由于甲基化胞嘧啶极易在进化中丢失,高等真核生物中CpG序列远远低于其理论值,但在基因组的某些区域中,可以达均值的5倍以上,成为鸟嘌呤和胞嘧啶的富集区,形成所谓的CpG岛。通常是基因的启动子和第一外显子区的CpG序列密度很高。哺乳类基因组中约存在4万个CpG岛,大多位于转录单元的5’端。
 
DNA甲基化检测的主要应用
◇ 肿瘤的早期预测、分类分级、预后评估及多种疾病的分析
◇ 转录水平分析:位于启动子区域的甲基化一般会抑制转录
◇ 细胞凋亡等调控机制的研究
 
■ 服务内容
◇ 亚硫酸氢盐修饰后测序法 (bisulfite sequencing PCR, BSP)
该方法是首先使用亚硫酸氢盐修饰基因组DNA,所有未发生甲基化的胞嘧啶都被转化为尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶则保持不变。之后设计引物进行PCR扩增,产物克隆测序,定量分析每个CpG位点甲基化情况。
该方法优点:可靠性及准确度高,能明确目的片段中每一个CpG位点的甲基化状态。是目前新甲基化位点的寻找和DNA甲基化检测的可靠方法之一。
◇ 甲基化特异性的PCR法 (methylation-specific PCR,MSP)
该方法是在甲基化区域设计甲基化特异性的引物 (M Primer) 和非甲基化特异性的引物 (U Primer),使用M Primer和U Primer分别进行PCR扩增,检测此MSP扩增产物,如果使用M Primer能扩增出片段,则说明该被检测的位点存在甲基化;若用U Primer扩增出片段,则说明被检测的位点不存在甲基化。
该方法特点:是一种简便的、特异的、敏感的检测单CpG位点甲基化的方法。可以用于高通量样品DNA特异位点甲基化的检测。
◇ 高通量测序解析
该方法是利用磁珠方法,从整个基因组中分级富集低度、中度、高度甲基化DNA片段,经物理方法片段化后,采用Illumina Genome Analyzer GA II (Illumina公司) 高速序列解析仪进行序列解析,通过延伸反应所发生的4色荧光,一次性得到最大约12 Gb的碱基序列。
该方法特点:是基因组整体水平的甲基化检测,能明确基因组中甲基化状态,是寻找新甲基化位点的可靠方法之一,但实验费用较贵。
 
■ 服务说明
1. 基因信息 (请提供详细的序列或NCBI登录号)。我们会根据您提供的基因序列信息和选择的检测方法,进行甲基化检测。
2. 样品要求:
材料准备 样品要求 最小量
组织材料
最好是新鲜组织,未反复冻融 100 mg
血液样品
EDTA抗凝或柠檬酸钠抗凝 500 μl
培养细胞
最好是培养后未反复冻融 1×106
基因组DNA
提取后未反复冻融,浓度≥100 ng/μl 10 μg
3. 对于没有文献支持的新甲基化位点的寻找,客户可以指定一套方案,同时我们也会凭借丰富的经验设计一套方案供您参考。如果无目的产物,我们会和您协商后进行条件探讨,费用另计。
4. 由于材料的个体差异,我们不保证获得的甲基化分布与您预期相同,以样品实际检测结果为准。
 
■ 本公司服务优势
◇ 硫化过程转变效率高
亚硫酸修饰过程中的硫化转变效率,是决定甲基化检测是否可信的重要指标,因此本公司采用高质量的试剂基础上,BSP检测时选择10个质粒的测序结果进行分析。如果发现硫化不完全,我们的专家会为您重新调整方案再免费进行一次亚硫酸修饰和BSP操作。

◇ 引物设计
大多数的实验者都使用软件在线进行引物的设计,而我们凭借丰富的实践经验,可同时使用多种手段进行引物的设计和检验,完成各种不同难度的实验。

◇ 甲基化扩增区域长
Takara采用高品质试剂,曾多次有效地扩增400~600 bp的甲基化产物 (一般公司扩增长度是
300~400 bp)。
◇ 甲基化克隆阳性率高
基因组DNA经亚硫酸氢盐修饰后与常规的基因序列不同,若使用普通克隆载体,将无法保证克隆时基因是否会被选择性克隆。我们使用本公司针对甲基化克隆而研发的载体,会提高阳性克隆率,并保证甲基化克隆无偏差。
◇ 多种检测方法
因实验目的不同,可供选择的检测方法也不同,Takara提供的检测方法如下:

 
■ 价格·实验周期
服务项目 收费标准 实验周期
亚硫酸氢盐修饰后测序法(BSP) 询价 1020个工作日
甲基化特异性的PCR法(MSP) 询价 815个工作日
Real Time PCR法 询价 815个工作日
高通量测序解析 询价 视具体情况而定
 
■ 收费标准
我们根据您的基因情况和委托项目,与您确认好实验方案后,会给出合理的实验报价,请垂询。
 
■ 提供结果
电子版数据 (包括PDF版实验报告、质粒测序结果等)。
 
如果您需要进行此项服务,请填写“Takara DNA甲基化 (methylation) 检测服务委托书”(请与本公司联系索取)。填写后通过传真或E-mail发送给我们或当地代理商。